このムービーでは、ChIP-Seq データ（GSE11431）から生成された BED ファイルを Subio Platform にインポートして視覚化、解析するところをご覧いただけます。プロモーターアレイを使ったChIP-on-chipデータの解析も、これと同じようにできます。
Analyzing ChIP-seq data (GSE11431)
元データ
SOAファイルのダウンロード
SOA ファイル（1.17GB）をダウンロードして、お手元のSubio Platformにインポートして詳しく見ることができます。Platform メニューから Import Archive... を選択して、SOAファイルを取り込んでください。
* このムービーは少し古いので、今は Genome と呼ばれているデータが、ここでは Biological Table と呼ばれています。また、Annotation Analysis Plug-in や Genomic Analysis Plug-in は現在では Advanced Plug-in に統合されています。
Data Source
Summary
Transcription factors and their specific interactions with targets are crucial in specifying gene expression programs. To gain insights into the transcriptional regulatory networks in embryonic stem cells, we use chromatin immunoprecipitation coupled to ultra-high-throughput DNA sequencing (ChIP-seq) to map the locations of thirteen sequence specific transcription factors (Nanog, Oct4, STAT3, Smad1, Sox2, Zfx, c-Myc, n-Myc, Klf4, Esrrb, Tcfcp2l1, E2f1 and CTCF) and two transcription regulators (p300 and Suz12). These factors are known to play different roles in ES cell biology as components of the LIF and BMP signaling pathways, self-renewal regulators and key reprogramming factors. Our study provides insights into the integration of the signaling pathways to the ES cell-specific transcription circuitries. Intriguingly, we find specific genomic regions extensively targeted by different transcription factors. Collectively, the comprehensive mapping of transcription factor binding sites identifies important features of the transcriptional regulatory networks that define ES cell identity.
Integration of External Signaling Pathways with the Core Transcriptional Network in Embryonic Stem Cells
https://www.cell.com/retrieve/pii/S009286740800617X