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Subio Platform v1.24.5859 をリリースしました。GDCの仕様が変更されて以来、TCGAのRNA-Seq サンプルをダウンロードできなくなっていた問題を解消しました。 TCGAデータのインポートについて詳細を見る。 この変更に伴い、GDC RNA-Seqデータの遺伝子IDも変更されています。これにより、古いGDC RNA-Seq用のPlatformでは対応できなくなって...

プラグインセット単体（１年ライセンス）およびプラグインセットのUSドルあるいはユーロの価格を改定しました。 Plug-in １年: 349 -> 299 USD/EUR プラグインセット（２種セット）: 529 -> 499  USD/EUR プラグインセット（３種セット）: 699 -> 679  USD/EUR プラグインセット（４種セット）: 859 -> 82...

４種類のプラグインを自由に組み合わて、お得なセット価格でご購入いただけるようになりました。 これまでは "Basic + Advanced" または "Basic + Advanced + System" の２パターンのみをセット価格で販売しておりましたが、これからは、例えば "Basic + System" や "Advanced + System + Variation" など、お好きな...

FASTQファイルから遺伝子ごとの発現量を計算する過程でバグが見つかりました。大変恐れ入りますが、古いバージョンで計算されたものは再計算していただくようお願いいたします。 FIXED PROBLEMs of Subio Platform The algorithm for calculating expression levels per gene from the StringTie o...

Subio Platform v1.24.5839をリリースしました。このバージョンから、bigWig フォーマットのファイルインポートに対応しています。bigWig ファイルは巨大なことが多く、そのままインポートするとSubio Platformが動かなくなる可能性があります。そこで、インポートオプションを使って measurement list の数を安全に削減する方法を学んでください。...

Subio Platform v1.24.5805 を、新しいプラグイン Variation Plug-in と共にリリースしました。これで、RNA-SeqのFASTQからSNPやindelなどの変異の解析ができるようになります。また、RNA-Seq FASTQ ファイル処理を見直し、より洗練されたものになっています。WindowsやMacのコンピューターをお使いのウェットの研究者にとって、...

新しいバージョンのSubio Platformでは、RNA-Seqの生データ（FASTQファイル）を直接Subio Platformにインポートして、そのままシームレスにデータ解析を完遂できるようになりました。Windowsをお使いの方にとっては、RNA-Seqの生データを解析する最も簡単で安い手段となるでしょう。Macユーザーにとっても、コマンドライン操作がいらなくなって、快適に作業が行え...

このバージョンから、デモデータセットを外すことにして、代わりに、初めての方がご自身で学べるようチュートリアルを用意しました。 IMPROVEMENTs of Subio Platform Subio Platform shows a dialog to guide new users to the tutorials. Subio Platform automatically check i...

Subio Platfornの最新版をリリースしました。このバージョンからJava 12を同梱しています。動作を安定させるためにさまざまな措置を施していますので、お手元のSubio Paltformをアップデートしてご利用ください。 FIXED PROBLEMs of Subio Platform You cannot reset after searching by keyword. Yo...

Subio Paltform v1.22.5461以降で、クラスタリング実行時にツリー構造をうまく作れない問題が発生しておりましたが、この問題を修正したバージョンをリリースしました。お手元のSubio Platformを更新してお使いください。 Subio Platformを更新する Subio PaltformのHelpメニューから、"Check for Updates..." を選択して...

Subio Platformのバグ修正版をリリースしました。お手元のSubio Platformをバージョンアップしてお使いください。 IMPROVEMENTs of Advanced Plug-in "Find Regions from Seq" ツールと "Get Sequence" ツールの実行が速くなりました。 FIXED PROBLEMs of System Plug-in TSS...

Subio Platformの新バージョンをリリースしました。このリリースでEnrichment Analysis ツールが大きく進化したのと、System Plug-in に多くの新しいツールが加わりました。盛りだくさんの新機能が詰まった新バージョンへ、ぜひバージョンアップしてご利用ください。 NEW FEATUREs of System Plug-in Import MSigDB Gen...

Subio Platformの新バージョンをリリースしました。お手元のSubio Platformを更新してください。 IMPROVEMENTs of Subio Platform and Plug-ins インポートや編集に関する各画面に、オンライントレーニングのリンクを付けました。 プラグインツールの各画面の左下に、ヘルプ (?) ボタンを置きました。 FIXED PROBLEMs of...

Subio Platformの問題修正版をリリースしました。お手元のSubio Paltformを更新してお使いください。 CHANGEs of Advanced Plug-in Kaplan-Meier 生存解析における p値の計算不能になる問題を避けるため、aliveサンプルのdays to last follow upの最後の値よりも大きいdays to deathのdeadサンプルを...

Subio Platformの新しいバージョンをリリースしました。Kaplan-Meier生存曲線でP値が出るようになったほか、RNA-SeqのためにNormalizationシナリオを調整、WindowsでGDCのmiRNA-Seqのデータをダウンロードできない問題の解決などが含まれています。 IMPROVEMENTS in Advanced Plug-in Kaplan-Meier Su...

下記の問題修正を含む Subio Platform の新バージョンをリリースしました。 FIXED BUGS of Subio Platform GDC のAPI URL変更に伴い、この新しいAPIに対応しました。 同名のDataSetが複数ある場合に、Treeオブジェクトが正しく保存されないことがあります。 Compare All Pairs ツールで Overwrite すると、Meas...

Subio Platformの新しいバージョンをリリースしました。このバージョンから新しく System Plug-in が加わり、より便利な機能を提供しています。 NEW FEATURES of System Plug-in SubriumおよびSubdiveの販売を３月をもって中止しましたが、Subriumのメインの機能はSystem Plug-inのScan Genes over Se...

We released a new version of Subio Platform software. We improve error handling methods of GDC's data transferring to download a very large data set without stopping downloading tons of files. IMPR...

Subio Platform v1.21.5054 をリリースしました。このバージョンより、Advanced Plug-in にカプランマイヤー生存曲線解析ツールが含まれます。 以前のバージョンでTCGAやTARGETプロジェクトで出された大量の遺伝子発現データ、miRNA発現データ、そしてDNAメチル化データをダウンロードして解析できるようになっていますが、これらのデータをインポートすると...

Subio Platform v1.20.5031をリリースしました。 このバージョンから、TCGAのDNAメチル化アレイのデータをGDCサイトから自動的にダウンロードしてインポートできるようになりました。実験データだけでなく、実験に付属する情報も合わせて大量にインポートされるので、データ解析をすぐに始められるのが大きな特長です。 これで、TCGAおよびTARGEプロジェクトで得られた多様な...

We released v1.20.5009. Subio Platform supports automatic import of mRNA-Seq data sets from GCD for TCGA and TARGET projects. And provide new features to easily handle such large data sets. NEW FEA...

We released Subio Platform ver. 1.20 with two new tools in Basic Plug-in. And we re-designed "Edit Flag Columns" panel to improve usability. NEW FEATURES in Basic Plug-in v1.20.4967 "Compare One to...

The former version (v1.19.4939) has a significant bug in "Look Up" tool of Edit Platform window. If you have used v1.19.4929, 4935 or 4937 and edited platfroms, please make sure that update to this...

We released Subio Platform v1.19.4929. We implements small improvements for better usability, and fixed bugs disturbing your thought. Please update your Subio Platform for smooth experience.  IMPRO...

We released v1.19.4887, which is a bug fix version. FIXED PROBLEMS in Subio Platform v1.19.4887. Split Column tool doesn't work correctly, when you sort by a column. Subio Platform unexpectedly shu...

We released v1.19.4875. We implemented small improvements for better usability, which were requested from users who wants to analyze DNA methylation data. IMPROVEMENTS in Subio Platform v1.19.4875....

We released v1.19.4839. We implemented small improvements in visualization tools, which were requested from users who handle hundreds or thousands of samples in a series. CHANGES in Subio Platform ...

This is a bug fix of v1.19. FIXED PROBLEMS of Subio Platform v1.19.4832. Subio Platform shuts down when you select regions successively. You can not move objects by drag & drop in Series Panel....

FIXED PROBLEMS of Subio Platform v1.19.4826 Subio Platform shuts down when you load a pathway object. Subio Platform fails to launch when the account on Mac OS is different from which you install t...

Subio Platform v1.19.4810　をリリースしました。（Mac版は4816） フィルターなどの頻繁に使われるツールをデザインし直した、”使いやすさ”を向上したバージョンです。新機能をおたのしみください！ Basic Plug-in v1.19の改良点 Filter ツールの使い勝手を見直し、デザインし直しました。また、標準偏差（SD）や変動係数（CV）に対するフィルタリング...

On Tree View, you can select samples by clicking a node of sample tree. On Scatter Plot (Samples) View, you can drag to select spots of samples. Those selected samples are indicated in Sample Info ...

This is a bug-fix version. CHANGES of Subio Platform v1.18.4639 Help menu items are revised to encourage users ask for free support and training. Box plot in “Setup Series” tab draws the median lin...

We released Subio Platform v1.18.4625. Please enjoy the new visuals. We revised "Import Sample Wizard" to improve usablity. You can more intuitively handle experimental data files in a variety of f...

This is a bug fix version. FIXED PROBLEMS of Subio Platform It fails to import SOA files. It fails to load old Region objects. If you import data with only exactly same values, it halts.

We released v1.17 of Subio Platform. We decided to make normalization function free to all users. You can go through a data analysis flaw entirely and you can see what pre-process is applied to the...

Subio Platform's plug-in system supports 30 days license. It also include some bug fixes. CHANGES in Subio Platform v1.16 Subio Platform handles 30-days-license serial numbers properly. The title o...

This is a bug-fix version. FIXED PROBLEMS in Subio Platform v1.16 Ch2ReservedSignal becomes selectable, if Ch1ReservedSignal exists. Subio Platform crashes on adding a track of region which don't h...

This version includes a new normalization scenario and bug-fixes. IMPROVEMENTS in Subio Platform v1.16 You can select “Process for Log2 Data” from “Normalization” drop-down menu for RMA or other lo...

We implemented some features requested by users, and fixed bugs causing Subio Platform's crash. IMPROVEMENTS in Subio Platform v1.16 You can select a normalization to apply on creating a series. Sa...

Subio Platform v1.16.4372 is now available. We're pursuing better usability of Subio Platform, and implemented lots of small improvements. Thought each change may be small, you'll feel much comfort...

Subio Platform v1.15.4276 is now available. In this version, Genomic Analysis Plug-in is improved so that you can analyze correlations between regions, or between regions and measurements. It enabl...

Subio Platform v1.14.4199 is now available. In this version, Find miRNA Targets tool in Annotation Analysis Plug-in is improved. And the process of Import Samples is revised to handle very large da...

Subio Platform v1.14.4136 is now available. The main feature of v1.14 is "Find miRNA Targets" tool included in Annotation Analysis Plug-in. It searches genes which are validated/predicted to be tar...

Subio Platform v1.13 is now available. The main features of v1.13 are improvements of Genomic Analysis Plug-in for transcription regulatory network and epigenomics studies. And it includes many imp...

Subio Platform v1.12 is now available. The main feature of v1.12 is the improved sample import wizard, which supports BAM, SAM, BAR format. Now Subio Platform users can easily import next generatio...

Subio Platform v1.11.3892 added genomic sequence analysis functions. "Find Region From Seq" and "Get Sequence" tool are added to the Genomic Analysis Plug-in. This is a significant progress for int...

Subio Platform v1.10 has Pathway View, which visualizes gene expression patterns on pathway image. It helps interpreting statistical analysis in biological context. Although existing pathway object...

Subio Platform v1.9.3685 is now available. This is a bug-fixed version of v1.9. IMPROVEMENTS in Subio Platform v1.9.3685 To prevent inconvenience, current names are displayed in input field of Rena...

Subio Platform v1.9.3613 is now available. This is a bug-fixed version of v1.9. Changes in Subio Platform v1.9.3613: "Sample Export" generates a zip file containing original files, not GSM formatte...

Subio Platform v1.9.3555 is now available. This is a bug-fixed version of v1.9. NEW FEATURES in Subio Platform v1.9.3555 Import Profile windows accepts files by drag & drop. "No Normalization" ...