もしHISAT2のインデックスファイルがウェブサイトから提供されていなければ、その生物種のインデックスはご自身で作る必要があります。この解説は、Linux や Unix のコマンド操作に慣れていない方を想定しています。 Windowsユーザーだけが必要な準備 WindowsでLinuxシステム用に作られたバイオインフォマティクスツールを使用するために、WSLを導入したと思います。この場合、イ...
fastpは、通常使われるアダプター配列に対応しておりますが、特殊なキットを使っている場合にアダプター配列を認識できないことがあります。その場合は、fastpのオプション設定欄で --adapter_sequence=AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA のようアダプター配列を教えてあげてください。 また、アダプターを取り除いた後のリード配列も、ターゲット以外の...
Subio Platform が正しくペア―ドエンドサンプルを見つけられないときは、FASTQファイルの名前を下のように付け直して下さい。 XXX_1.fastq.gzXXX_2.fastq.gzYYY_1.fastq.gzYYY_2.fastq.gzZZZ_1.fastq.gzZZZ_2.fastq.gz XXX, YYY, ZZZ はサンプル名、_1 と _2 はペアを表します。