マイクロアレイデータ解析の「実践的」チュートリアル
このチュートリアルは、ウェットの生物学・医学・農学系研究者がマイクロアレイのデータ解析を学習することを想定し、データの取得から生物学的解釈まで一通りの流れを解説したものです。マイクロアレイのデータ解析についてよく知らない人ほど、正しい解析方法というものがあって、正しく解析された結果を取得したいと考える傾向があります。GSE97918は、データ解析がそのようなものではないということを学べる良い...
このチュートリアルは、ウェットの生物学・医学・農学系研究者がマイクロアレイのデータ解析を学習することを想定し、データの取得から生物学的解釈まで一通りの流れを解説したものです。マイクロアレイのデータ解析についてよく知らない人ほど、正しい解析方法というものがあって、正しく解析された結果を取得したいと考える傾向があります。GSE97918は、データ解析がそのようなものではないということを学べる良い...
このチュートリアルは、生物学・医学・農学系研究者がRNA-Seqのデータ解析を学習することを想定し、発現量データ(数値のテキストファイル)のインポートから生物学的解釈まで一通りの流れを解説したものです。FASTQファイルから始める場合、FASTQから発現量を算出までのパイプラインを別のチュートリアルにまとめてありますのでそちらをご覧ください。 ここではSubio Platform という解析...
はい、GEO の Series レコードから、 SOFT format family ファイルをダウンロードして、Subio Platformにインポートしてください。同じGSEのSOFTファイルから、Platformの作成も、実験データのインポートもできます。 ただし、次世代シーケンサーのデータはSOFTファイルの中に入っていません。このようなGSEを再解析したい場合は、もしSupplem...
もしエクセルで発現データをお持ちでしたら、下のチュートリアルムービーのようにSubio Platformでそのデータを視覚化・解析することができます。 エクセルのデータは、基本的に3つの部分からなっています。 遺伝子アノテーション 発現シグナル サンプル情報 このムービーでは、これらのパートを別々に分けて、それぞれ、(1)Platformの作成、(2)Sampleのインポート、(3)Samp...