Find Matched Samples ツールの使い方
複数のPlatformを跨るマルチオミクスデータの統合解析の準備をする。 Download このツールは、複数のオミックスデータセットを統合するために、さまざまなプラットフォームで共通のサンプルを見つけて印を付けます。このツールはFind miRNA Targets や Find Correlated Regions を使って解析を行うための準備を簡単に行えるようにするユーティリティです。...
カプランマイヤー生存曲線ツール
カプランマイヤー生存曲線を描画する。 Download Kaplan-Meier Survival Curve Tool を使って、カプランマイヤー生存曲線を描画するための準備について解説します。 ある治療を実施したグループとそうでないグループに分けて生存率を比較するなどはこれまで沢山の報告があります。Subio Platformに蓄積されたオミクスデータを使えば、たとえば、特定の遺伝子が...
TCGAのDNAメチル化データをインポートして解析する。
TCGA のメチル化データをインポートする。 Download Subio Platform v1.20.5031 では、GDC (TCGAプロジェクトデータの提供サイト) から、さまざまながんにおけるDNAメチル化データを自動的にダウンロードする機能を搭載しました。どなたでも簡単にこれらのデータ解析を始めらることができます。 データインポートから解析まで一通り学びたい方は、オンライントレ...
TCGAのRNA-Seqデータをインポートする
TCGAのRNA-Seqデータをインポートする Download Subio Platform v1.20.5009 では、TCGAまたはTARGETプロジェクトの、さまざまな癌の遺伝子発現データをGDCサイトから直接ダウンロードしてインポートすることができるようになりました。発現量データだけでなく、サンプル情報も合わせて取得されるので、データ解析や探索を簡単に始めることができます。 デー...
TCGAのmiRNA-Seqデータをインポートする
TCGA の miRNA-Seq データを解析する。（AMLの例） Download Subio Platformを使うと、TCGAのmiRNA-Seqのデータを簡単にインポートして、解析することができます。AMLのデータの解析例をご覧ください。
GDCのRNA-SeqまたはDNAメチル化データ用のPlatformを作成する
Subio Platform v1.20.5009 以降のバージョンには、GDC (TCGAとTARGETのデータ) mRNA-Seqデータ用のプラットフォームが同梱されております。それ以前のバージョンをお使いの方は、テキストファイルをダウンロード してPlatformを作成してください。New Platformウィザードでインポートするだけです。 また、Subio Platform v1....
Paired T-test で解析するにはどうすればいいですか？
患者さんのデータを解析するとき、個体差が大きくて知りたい要因の効果を検出することが難しいことがよくあります。もし、同じ患者さんから比較可能な２種類のサンプルを取れるなら、そうすることで検出力が大きく向上させられる可能性があります。というのは、それぞれの患者さんにおけるコントロールと比較対象の差を取り出すことができますので、その差の平均値と分散を解析することで、個体差に惑わされることなく調べた...