TPM/FPKM/RPKMを過度に信用してはいけない。RNA-Seqデータの系統誤差を除去できているとは限らない。
- Microarray
- High-Throughput Sequencing
- Gene Expression
- Exon Expression
- miRNA Expression
RNA-Seqによる発現データの解析には、リードカウントではなくTPM、FPKM、またはRPKMを用いるべきだと信じている人が多いです。その理由の一つに、サンプル間の系統誤差を回避することがあげられます。しかし、100万リードあたりで均すやり方は、一種のグローバルノーマライズに過ぎず、これで除去できるのは線形の系統誤差だけです。これは、現実のオミクスデータ解析に対して甘すぎる前提と言わざるを...
