変異データ解析チュートリアル（RNA-Seq の FASTQ ファイルから）
特にWindowsをお使いの方にとっては、RNA-SeqのFASTQファイルから GATKを使って変異を検出するもっとも簡単な方法だと思います。そして、たとえば Normal vs. Disease のような実験において、Disease で多く見られる変異、あるいはDiseaseで変異の多い遺伝子をもっとも簡単に抽出することができるツールでしょう。 RNA-SeqのFASTQファイルから、ゲ...
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FASTQ to VCF (RNA-Seq) ツールの使い方
FASTQ to VCF (RNA-Seq) Download このパイプラインは、GATKのRNAseq short variant discovery (SNPs + Indels)を参考にして作っています。ただし、メモリーの消費量を抑えるため、アラインメントにはSTARではなくHISAT2を使っています。実行する前に、環境のセットアップを行ってください。
FASTQ to VCF (RNA-Seq) の実行環境を設定する方法（Windows バージョン）
この記事は、FASTQ to VCF ツールを使うための準備のためのものです。 これを始める前に これを始める前に、必ずRNA-Seq FASTQファイル処理パイプラインの設定のやり方（Windows 版）を完了してください。fastp と HISAT2 は同じなので、ここでは説明を省きます。ここでは、追加の GATK4 のインストールについて説明します。 環境設定パネル 設定のやり方...
FASTQ to VCF (RNA-Seq) の実行環境を設定する方法（macOS バージョン）
この記事は、FASTQ to VCF ツールを使うための準備を行うためのものです。 GATK4のインストール これを始める前に、RNA-Seq FASTQファイル処理パイプラインの設定のやり方（macOS 版）を完了してください。ここで説明されている fastp と HISAT2 の設定は同じなので、ここでは省略します。これらに加え、bioconda経由で GATK4 をインストールします。...