GDCのRNA-SeqまたはDNAメチル化データ用のPlatformを作成する
Subio Platform v1.20.5009 以降のバージョンには、GDC (TCGAとTARGETのデータ) mRNA-Seqデータ用のプラットフォームが同梱されております。それ以前のバージョンをお使いの方は、テキストファイルをダウンロード してPlatformを作成してください。New Platformウィザードでインポートするだけです。 また、Subio Platform v1....
Subio Platform v1.20.5009 以降のバージョンには、GDC (TCGAとTARGETのデータ) mRNA-Seqデータ用のプラットフォームが同梱されております。それ以前のバージョンをお使いの方は、テキストファイルをダウンロード してPlatformを作成してください。New Platformウィザードでインポートするだけです。 また、Subio Platform v1....
miRNAとターゲット遺伝子で、発現パターンが逆向きのペアを検索する。 Download Find miRNA Targets ツールは、遺伝子とmiRNAの実験データが対でそろっている場合に使えます。ここでは、実験的に検証されたmiRNAとターゲット遺伝子のペアや、計算によって予測されたmiRNAとターゲット遺伝子のペアのうち、発現パターンが逆相関になっているものを抽出します。すべてのペ...
Subio Platform 上の Genome データは、GFF ファイルから生成することができます。そして、Rice 遺伝子の GFF ファイルは下記のリンクからダウンロードすることあできます。 https://rapdb.dna.affrc.go.jp/download/irgsp1.html しかし、下のリンクからSOAファイルをダウンロードすると、その中にこの Rice ゲノムと一...
TAIR のウェブサイトからは、Arabidopsis の遺伝子の位置情報が GFF3 フォーマットで提供されています。TAIR10_GFF3_genes.gff をダウンロードしてください。 Subio Platform では、これらのファイルを使って Genome を作成することができますが、GFF データからの変換には時間がかかります。 そこで、このデータからexons、miRNAs、...