1. サポート
2. Help - ソフトウェアの使い方

これからご紹介する方法は、Illuminaのどのメチル化アレイにも適用できるのはもちろん、シーケンサーなど別のテクノロジーを使って測定したデータにも幅広く応用できます。ポイントとなるのは、膨大なメチル化サイトを二つのカテゴリー、つまりプロモーター領域とそれ以外に分けることです。プロモーター領域と CpGアイランドは重複していることが多いですが、完全に一致するものではありません。ヒトの遺伝子の...

Subio Platformは、起動時に最新版がリリースされていないかどうか確認するために、ネットワークにアクセスしようとします。proxyの設定が必要なネットワークの場合、起動に数分かかることがあります。 このようなときは、OSのネットワーク設定でproxyの設定をしてください。 Windowsのプロキシ設定 macOSのプロキシ設定

もしHISAT2のインデックスファイルがウェブサイトから提供されていなければ、その生物種のインデックスはご自身で作る必要があります。この解説は、Linux や Unix のコマンド操作に慣れていない方を想定しています。 Windowsユーザーだけが必要な準備 WindowsでLinuxシステム用に作られたバイオインフォマティクスツールを使用するために、WSLを導入したと思います。この場合、イ...

このチュートリアルは、ウェットの生物学・医学・農学系研究者がマイクロアレイのデータ解析を学習することを想定し、データの取得から生物学的解釈まで一通りの流れを解説したものです。マイクロアレイのデータ解析についてよく知らない人ほど、正しい解析方法というものがあって、正しく解析された結果を取得したいと考える傾向があります。GSE97918は、データ解析がそのようなものではないということを学べる良い...

bigWig ファイル（ChIP-Seqのデータ）を Subio Paltform にインポートする Download bigWigファイルはサイズが巨大なことが多く、そのままインポートするとSubio Platformがオーバーフローしてしまいがちです。このムービーでは、ゲノム領域を絞ってデータをインポートすることで、データをうまく圧縮する方法を見つける方法を解説します。こうすることで、...

Subio Platform が正しくペア―ドエンドサンプルを見つけられないときは、FASTQファイルの名前を下のように付け直して下さい。 XXX_1.fastq.gzXXX_2.fastq.gzYYY_1.fastq.gzYYY_2.fastq.gzZZZ_1.fastq.gzZZZ_2.fastq.gz XXX, YYY, ZZZ はサンプル名、_1 と _2 はペアを表します。

Creating a platform of Ensembl genes. Download Subio Platform v1.24からは、Ensembl Genes GRCh38.p13バージョンのPlatformがインストーラーにバンドルされています。それ以前のバージョンからお使いのユーザーは、このムービーを見ながらご自身でPlatformを作成してください。 このチュートリアルは、...

Subio Platform にRNA-SeqのFASTQファイルをインポートするのは、  fastp 、 HISAT2 、 StringTie という３つのツールからなるパイプラインを実行させ、発現量を計算することになります。ただし、ワークステーションも、UNIXのコマンドラインによる操作スキルも必要ありません。普通のWindowsまたはMacのコンピューターで動かせます。特にWindow...

これはWindows10 ユーザー向けに、RNA-SeqのFASTQファイルをSubio Platformにインポートするための準備について説明したものです。もしMacをお使いでしたらmacOS版の説明をご覧ください。 Windowsコンピューターで、Linux用のプログラムを実行することになりますので、Windows Subsystem for Linux を有効化することと、Ubuntu...

これはMacユーザー向けに、RNA-SeqのFASTQファイルをSubio Platformにインポートするための準備について説明したものです。もしWindowsをお使いでしたらWindows10版の説明をご覧ください。 Subio Platformは、下記のツールを使ってRNA-SeqのFASTQファイルを処理します。 fastp アダプター配列を除き、品質の悪いリードを除去する。 HIS...

このチュートリアルは、生物学・医学・農学系研究者がRNA-Seqのデータ解析を学習することを想定し、発現量データ（数値のテキストファイル）のインポートから生物学的解釈まで一通りの流れを解説したものです。FASTQファイルから始める場合、FASTQから発現量を算出までのパイプラインを別のチュートリアルにまとめてありますのでそちらをご覧ください。 ここではSubio Platform という解析...

Importing a gene list, or a set of lists. Download テキストファイルから、一つまたは複数の遺伝子リストをSubio Platformにインポートして、これらの遺伝子群の発現パターンを概観することができます。また、遺伝子リストをインポートすると、これらをエンリッチメント解析に利用できるようになります。 遺伝子のＩＤは、Platformに登録さ...

GO解析について Gene Ontology (GO) 解析でしたら、(1) DAVID Functional Annotation のウェブツールを使うか、(2) Advanced Plug-in に含まれる "Enrichment Analysis" ツールを使ってできます。さらに、後者は System Plug-in に含まれる "Import MSigDB Gene Sets" ツー...

検索の基本テクニック Download Subio Platform は高度な検索機能を提供しています。このチュートリアルでは検索機能を使いこなすためのノウハウを紹介します。これらのテクニックは他の検索パネルでも使えます。 正規表現 の詳しい文法は、グーグル検索してみてください。

これは Subio Platform でRNA-Seqデータの正規化・前処理を行う手順の解説です。R/Bioconductorなどを使われている方にとっても、下記のコンセプトを理解することは有益です。 正規化と前処理の適切なやり方を見つける。 Download Subio Platformでは、下記のプリセットのシナリオを用意しています。データに合わせて選択し、それをベースにデータの特徴に合...

データはいつ壊れるかわかりませんので、データのバックアップを定期的にとるようお勧めしています。バックアップをとるにはどうするかをこちらでご覧ください。 もし、ＳＳＡファイルを作成してあれば、それを使って簡単に復元することができます。しかし、SSAファイルがない場合は次の二つの選択肢しかありません。 1. 壊れたSeriesを削除して、そのSeriesの作成と解析をやり直す。 2. 私たちにデ...

TCGA のメチル化データをインポートする。 Download Subio Platform v1.20.5031 では、GDC (TCGAプロジェクトデータの提供サイト) から、さまざまながんにおけるDNAメチル化データを自動的にダウンロードする機能を搭載しました。どなたでも簡単にこれらのデータ解析を始めらることができます。 データインポートから解析まで一通り学びたい方は、オンライントレ...

TCGAのRNA-Seqデータをインポートする Download Subio Platform v1.20.5009 では、TCGAまたはTARGETプロジェクトの、さまざまな癌の遺伝子発現データをGDCサイトから直接ダウンロードしてインポートすることができるようになりました。発現量データだけでなく、サンプル情報も合わせて取得されるので、データ解析や探索を簡単に始めることができます。 デー...

TCGA の miRNA-Seq データを解析する。（AMLの例） Download Subio Platformを使うと、TCGAのmiRNA-Seqのデータを簡単にインポートして、解析することができます。AMLのデータの解析例をご覧ください。

Subio Platform v1.20.5009 以降のバージョンには、GDC (TCGAとTARGETのデータ) mRNA-Seqデータ用のプラットフォームが同梱されております。それ以前のバージョンをお使いの方は、テキストファイルをダウンロード してPlatformを作成してください。New Platformウィザードでインポートするだけです。 また、Subio Platform v1....

Edit Flag Columns パネルの使い方 Download Subio Platform ver. 1.20 から、Edit Flag Columns パネルがより使いやすくなりました。 データインポートから解析まで一通り学びたい方は、オンライントレーニングをお申し込みください。 関連トピック マイクロアレイのフラグ値とは？

Case 1 – インストールの失敗 インストーラファイルが壊れている可能性があります。ダウンロードしようとしているファイルサイズと、実際にダウンロードしたファイルのサイズが同じかどうかをご確認ください。マニュアル の手順に従って、正しくインストールしていることをご確認ください。 Windows をお使いの方へ ダウンロードしたＺＩＰファイルを解凍してください。Subio.exe のアイコン...

画面左側のSeries Panelの、右上角にある "Unload Series" ボタンを押してください。 Seriesを削除したり、名前を変更したりする場合や、merge platformsを実行する前にはUnloadする必要があります。

"Select Files"ボタンを押すと、ファイルチューザーが開きますが、Mac OSではここで一つのファイルしか選択することができません。しかし、その上の白い枠内には、複数のファイルを一度にドラッグ＆ドロップしてセットすることができます。これは、Mac OSのみで起こることが知られています。

もし、セキュリティソフトが監視していて、それがアップデータの起動を阻止しているようでしたら、一時的にセキュリティソフトウェアを切ってからアップデータを実行してください。完了したら、セキュリティソフトウェアをもとに戻してください。 ノートンの場合

Finderを起動し、/Applications/Subioディレクトリーに移動。 FinderウィンドウのActionメニュー（歯車のアイコン）をクリックし、ドロップダウンメニューから「Get Info」をクリック。 表示されるInfoウィンドウの右下の「鍵ボタン」をクリック。 表示されるダイアログで管理者アカウントのUsernameとPasswordを入力。 Infoウィンドウ左下の「+...

Subio Platform & Plug-ins ユーザーガイド このマニュアルは、用語やコンセプトを理解するための補助的資料ですが、それ以上のものではありません。操作を学ぶのはムービーチュートリアルのほうが適しています。解析ガイド では、全体のワークフローが示されています。各ステップをクリックすると、それに関連するチュートリアルが表示されますので、これを見ながら進められる人は進め...

階層型クラスタリングのヒートマップを出力して、エクセルで見る。 Download Tree Viewで表示されているヒートマップをエクスポートして、エクセル上で表示することができます。 操作がよくわからない場合は、無料オンラインサポートをお申し込みください。

フラグとは、マイクロアレイの測定システムが、測定値とあわせて出力するもので、その測定値の信頼性に関する指標となります。ただ、それぞれの測定システムや、フラグの種類によって意味や特徴がまったく異なりますので、その特徴を理解してフィルターを使うととても強力な解析ツールになります。 Affymetrix GeneChip: Affymetrix GeneChip で、MAS5で解析されたデータの場...

Subio Platformの最新版へのアップグレードは、いつでも無料で行えます。最新版の有無をチェックして、更新する操作をご覧ください。 このような半自動化プロセスはv 1.19以降でご利用いただけます。v 1.18またはそれ以前のバージョンをお使いの場合は、下記リンクよりアップデータを取得して、実行してください。 Download Updater Subio Platformをバージョン...

メモリーがひっ迫しているときは、Viewerやタブを切ることでしのげることがあります。これは、非常に大きなSeriesを解析しているときにも有効です。 Turning Views and Tabs On/Off Download 100万プローブとか、数千サンプルとかあるような巨大なデータセットを扱うと、Subio Platformは非常に遅くなります。 このようなとき、Viewやタブの表示...

Annotations タブから１クリックでプローブシーケンスをBLASTしたい場合は、下記の定義文をWeb Linkに設定してください。 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi?CMD=Put&QUERY=[SEQUENCE]&PROGRAM=blastn&FILTER=L&DATABASE=nr&A...

integrate multi-omics data sets Download このデモでは、擬似的なトランスクリプトミクス、プロテオミクス、メタボロミクスのデータセットを統合し、Subio Platform の Pathway View にまとめて表示する方法をご紹介します。 やり方は二通りあります。 元のIDを保持したまま、Platformを統合する 元のIDは使わず、Gene ID...

Genome データは、Genome View や Chromosome タブでデータを視覚化するのに必要です。このムービーで、どのように UCSC ゲノムブラウザーのデータを使ってGenomeを作成するかご覧ください。 Genome を作成する。 Download Genomeは、Subio Platform上で仮想染色体を表示したり、選択したmeasurementの位置を仮想染色体上に表...

RNA-Seqのデータ（Counts / TPM / FPKM / RPKM）をインポートする。 Download 1:50 より前 ; RNA-Seq データ（Counts/FPKM/RPKM）のインポート 1:50 より後 ; 遺伝子アノテーションのインポート 関連トピック RNA-SeqのFASTQファイル処理

アジレントのマイクロアレイデータをインポートする。 Download 00:00 - 01:40１色法のデータをインポートする 01:40 - 02:45２色法のデータをインポートする 02:45 -  ２色法のデータをインポートする（dye swap デザインの場合）

Create A Platform of An Agilent Microarray Download 遺伝子発現マイクロアレイをお使いの場合は、こちらのパートをご覧ください 0:00 eArray のサイトからアノテーションファイルをダウンロードする 1:00 アノテーションファイルをインポートして、Platform を作成する 1:20 gene symbol 列をセットする 1:30...

Create A Platform of An Affymetrix Gene Chip Download 0:00 Affymetrix のウェブサイトから、CSV 形式の annotation ファイルをダウンロードする 0:30 拡張子を .csv  から .txt に変更する 0:45 エクセルで開いてタブ区切りテキスト形式のファイルに変換する、ただしこのやり方でないと、一部の G...

TACソフトウェアを使ってCELファイルを処理し、そこからエクスポートしたSignal値と遺伝子アノテーションを、Subio Platformにインポートする。 Download Subio Platformは、GeneChipのCELファイルを直接扱うことができません。そこで、Thermo Fisher Scientificのウェブサイトから無料で入手できるTranscriptome A...

Setting Up Series And DataSets Download 実験データをインポートしてSeriesを作成したら、次に行うのが Series と DataSet を適切に設定して解析の準備をすることです。このムービーで、DataSetを適切に設定することで、生物学的にわかりやすくなることを学んでください。ポイントとなるのは、サンプルに実験パラメーター（因子）を適切に割り当...

重複するプラットフォームを統合する Download Subio Platform に SSA ファイルを何度もインポートしていると、そのたびに Platform が新しく作られるので、Platform リストがどんどん膨らんでしまいます。そこで、Merge Platform を使うと、同じ Platform をまとめて一つにすることができるので、Platform List を整理すること...

Subio Platform はRNA-Seqのデータは、FASTQファイルからサポートしています。詳しくはRNA-Seqデータ解析チュートリアル をご覧ください。または、Count/FPKM/TPMなどのテキストファイルから解析することも可能です。 ChIP-SeqやMethyl-Seqなどは、生データの解析には対応しておりませんが、一次解析の結果であるBEDファイル等をインポートして解析...

はい、GEO の Series レコードから、 SOFT format family ファイルをダウンロードして、Subio Platformにインポートしてください。同じGSEのSOFTファイルから、Platformの作成も、実験データのインポートもできます。 ただし、次世代シーケンサーのデータはSOFTファイルの中に入っていません。このようなGSEを再解析したい場合は、もしSupplem...

既に対数に変換されているデータ（対数に変換されたシグナル値の場合と、そこからさらに対数比になっているの場合があります）をお持ちで、そのデータを Subio Platform 閲覧・解析したいという場合は、Normalizationタブで  Take as Log Scale  ブロックを最初に適用してください。これにより、Subio Platformがそのデータを対数とみなすようになります。...

Genome View の使い方 Download Genome View は、ChIP-SeqやMethyl-Seq、タイリングアレイ、CGH アレイなどのゲノムの位置と深くかかわるデータの解析に必須のゲノムブラウザーです。遺伝子発現データを見ているときも、この視覚化ツールを使って発現が上昇あるいは減少している遺伝子群が、染色体の特定の領域に固まって存在しているかどうかを確認することで、...

Tree View の使い方 Download Tree View は、階層型クラスタリングの結果を、ヒートマップとツリー構造で表示するものです。PDF などの画像となっているヒートマップは動きませんが、このツリーでは興味のある発現パターンの遺伝子群を取り出したり、発現プロファイルの似ているサンプル群にマークを付けるなど、インタラクティブに動きます。 操作がよくわからないときは、無料オンラ...

多くの人が気づいていないようなのですが、正規化と前処理はデータ解析において最も重要な部分です。複雑なデータに隠れた知識を読み出せるようにするステップだからです。 次の項目はデータの特徴に大きな影響を与えます。 測定装置・試薬キット・研究所・実験日　 RNA-Seqの場合、総リード数・RNAのインプット量・品質 細胞や組織の種類・細胞の選別の有無 生検か保存試料か培養細胞か 成育条件・感染やコ...

Web Link は、あなたが検索したいデータベースのリンクを自由に設定することができますが、Platformを作るたびに一から設定しなおすは面倒です。そこで、既にリンクを定義済みのPlatformからまとめて移す方法をご紹介します。 Annotations タブを開き、アノテーションテーブルの上で右クリックしたら、Edit Web Search を選択します。 Export ボタンを押し...

遺伝子アノテーションは継続的に更新されていきますので、Platformは作成した後も定期的に更新してメンテナンスする必要があります。通常マイクロアレイのメーカーは定期的にアノテーションファイルを更新して、ウェブサイトから公開しています。そのような更新の案内をEメールで受け取ったら、Platformの更新を行ってください。 最新のアノテーションファイルをダウンロードする。ダウンロードしたファ...

ある Series から別の Series へ Measurement List を移行するには、次の二つの方法があります。外部から遺伝子のIDやGene Symbolのリストをインポートしたい場合は、２つめのケースの手順に従ってください。 CASE1: 同じ Platform 上の Series 間で移す場合 Subio Platform画面の左側にある、Series パネルの上部にある ...