マイクロアレイデータ解析の「実践的」チュートリアル
このチュートリアルは、ウェットの生物学・医学・農学系研究者がマイクロアレイのデータ解析を学習することを想定し、データの取得から生物学的解釈まで一通りの流れを解説したものです。マイクロアレイのデータ解析についてよく知らない人ほど、正しい解析方法というものがあって、正しく解析された結果を取得したいと考える傾向があります。GSE97918は、データ解析がそのようなものではないということを学べる良い...
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RNA-Seq データ解析の「実践的」チュートリアル
このチュートリアルは、生物学・医学・農学系研究者がRNA-Seqのデータ解析を学習することを想定し、発現量データ（数値のテキストファイル）のインポートから生物学的解釈まで一通りの流れを解説したものです。FASTQファイルから始める場合、FASTQから発現量を算出までのパイプラインを別のチュートリアルにまとめてありますのでそちらをご覧ください。 ここではSubio Platform という解析...
Enrichment Analysis Tool の使い方
遺伝子リストから関連の示唆されるＧＯやパスウェイを検索する。 Download Enrichment Analysis tool は、抽出した遺伝子リストを生物学的コンテキストで解釈するのによく使われます。Gene Ontology (GO）はもちろんですが、パスウェイやサイトバンド、タンパクドメイン、miRNAのターゲットや転写因子のターゲット検索など、幅広い用途に使える便利なツールです...
パスウェイ解析・ネットワーク解析・GO解析はできますか？
GO解析について Gene Ontology (GO) 解析でしたら、(1) DAVID Functional Annotation のウェブツールを使うか、(2) Advanced Plug-in に含まれる "Enrichment Analysis" ツールを使ってできます。さらに、後者は System Plug-in に含まれる "Import MSigDB Gene Sets" ツー...