パスウェイ解析・ネットワーク解析・GO解析はできますか？
GO解析について Gene Ontology (GO) 解析でしたら、(1) DAVID Functional Annotation のウェブツールを使うか、(2) Advanced Plug-in に含まれる "Enrichment Analysis" ツールを使ってできます。さらに、後者は System Plug-in に含まれる "Import MSigDB Gene Sets" ツー...
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KEGG Pathway Converter ツールがうまく動作しないときの回避方法
KEGG Pathway Converterツールは、下記の理由でファイルの保存ができないことがあります。 URLが間違っている。正しいアドレスを入力してください。 一次的にネットワークまたはサーバーがダウンしている。しばらく時間をおいてお試しください。 ネットワークポリシーで通信を遮断されている。 原因が３かどうかを確認するには、別のネットワーク（自宅や携帯電話のテザリングなど）から実行し...
マルチオミクスのデータを統合する
integrate multi-omics data sets Download このデモでは、擬似的なトランスクリプトミクス、プロテオミクス、メタボロミクスのデータセットを統合し、Subio Platform の Pathway View にまとめて表示する方法をご紹介します。 やり方は二通りあります。 元のIDを保持したまま、Platformを統合する 元のIDは使わず、Gene ID...
Pathway Edit Tool の使い方
パスウェイを取り込み、図中の遺伝子の発現パターンを重ねて表示する。 Download Pathway Edit Tool は、任意の画像上にデータをヒートマップまたは棒グラフで重ねて表示する Pathway オブジェクトを作成・編集するものです。このツールは汎用的に作られているのでどのパスウェイにも対応できるのですが、まずは "KEGG Pathway Converter" ツールを別途提...