メチル化データ解析チュートリアル
これからご紹介する方法は、Illuminaのどのメチル化アレイにも適用できるのはもちろん、シーケンサーなど別のテクノロジーを使って測定したデータにも幅広く応用できます。ポイントとなるのは、膨大なメチル化サイトを二つのカテゴリー、つまりプロモーター領域とそれ以外に分けることです。プロモーター領域と CpGアイランドは重複していることが多いですが、完全に一致するものではありません。ヒトの遺伝子の...
- Genomic Location Filter×
RNA-Seq データ解析の「実践的」チュートリアル
このチュートリアルは、生物学・医学・農学系研究者がRNA-Seqのデータ解析を学習することを想定し、発現量データ（数値のテキストファイル）のインポートから生物学的解釈まで一通りの流れを解説したものです。FASTQファイルから始める場合、FASTQから発現量を算出までのパイプラインを別のチュートリアルにまとめてありますのでそちらをご覧ください。 ここではSubio Platform という解析...
Genomic Location Filter の使い方
ゲノム上の相対的な位置関係から、遺伝子やプローブなどを抽出する。 Download Geomic Location Filter ツールは、ゲノム上の相対的な位置に基づいて、ゲノム上のエレメント（遺伝子、プローブ、結合部位、メチル化サイトなど）を抽出するのに使います。このチュートリアルムービーでは、PHF8の結合部位を遺伝子の上流 2000 bp の範囲から抽出したり、逆にPHF8の結合部...
RNA-Seq のBAMファイルをSubio Platformにインポートして見る
RNA-Seq のデータを遺伝子単位で数値化したFPKMでしかみていない方が多いと思いますが、そのひとつ前のマッピングが終わったBAMファイルの段階でデータを視覚化すると、もっと多くの情報を引き出せるかも知れません。遺伝子単位でまるめこんだ発現量のデータなら、感度・精度ともにアジレントのマイクロアレイに敵わないかもしれません、しかし、RNA-Seqの醍醐味がマイクロアレイでは見えないものをみ...