RNA-Seq データ解析の「実践的」チュートリアル
このチュートリアルは、生物学・医学・農学系研究者がRNA-Seqのデータ解析を学習することを想定し、発現量データ（数値のテキストファイル）のインポートから生物学的解釈まで一通りの流れを解説したものです。FASTQファイルから始める場合、FASTQから発現量を算出までのパイプラインを別のチュートリアルにまとめてありますのでそちらをご覧ください。 ここではSubio Platform という解析...
- Introduction×
Subio Platform & Plug-ins ユーザーガイド （マニュアル）
Subio Platform & Plug-ins ユーザーガイド このマニュアルは、用語やコンセプトを理解するための補助的資料ですが、それ以上のものではありません。操作を学ぶのはムービーチュートリアルのほうが適しています。解析ガイド では、全体のワークフローが示されています。各ステップをクリックすると、それに関連するチュートリアルが表示されますので、これを見ながら進められる人は進め...
Subio Platformを更新する
Subio Platformの最新版へのアップグレードは、いつでも無料で行えます。最新版の有無をチェックして、更新する操作をご覧ください。 このような半自動化プロセスはv 1.19以降でご利用いただけます。v 1.18またはそれ以前のバージョンをお使いの場合は、下記リンクよりアップデータを取得して、実行してください。 Download Updater Subio Platformをバージョン...
プラグインを使う場合、Windows10 の「ランダムなハードウェアアドレス」を有効にしないでください。
Windows 10 の新機能で「ランダムなハードウェアアドレス」を使うことができるようになっています。しかしこの機能を使うと、Subio Platformでプラグインをアクティベートしても利用できなくなる可能性があります。プラグインを使っているお客様は、この機能を有効にしないようご注意ください。 参考資料 https://www.ietf.org/proceedings/93/slides...
プラグインを使わない、マイクロアレイデータ解析のチュートリアル
簡単かつ詳細なマイクロアレイデータ解析の例 Download 多くの人が統計学などの特別なツールがないとデータ解析はできないと思っているようですが、オミクスデータ解析の本質にとってツールはそれほど重要ではありません。逆に言うと、そのツールさえ使っていれば解析については安心だということもないのです。大事なのは、データがどのようなものか、そしてどのように処理しているかを正しく理解していることで...
Rice のマイクロアレイデータ解析の準備
Subio Platform 上の Genome データは、GFF ファイルから生成することができます。そして、Rice 遺伝子の GFF ファイルは下記のリンクからダウンロードすることあできます。 https://rapdb.dna.affrc.go.jp/download/irgsp1.html しかし、下のリンクからSOAファイルをダウンロードすると、その中にこの Rice ゲノムと一...
シロイロナズナの Genome を作成する (TAIR10、TAIR9)
TAIR のウェブサイトからは、Arabidopsis の遺伝子の位置情報が GFF3 フォーマットで提供されています。TAIR10_GFF3_genes.gff をダウンロードしてください。 Subio Platform では、これらのファイルを使って Genome を作成することができますが、GFF データからの変換には時間がかかります。 そこで、このデータからexons、miRNAs、...
Subio Platform のデータをバックアップするにはどうすればいいですか？
すべてのデータをバックアップするには、Subio Platform のインストールディレクトリをまるごとコピーして、他のディスクまたは記憶メディアに保存してください。 また、SSA ファイルを出力しておけば、Series 単位でのバックアップが可能ですし、SOA ファイルであれば Organism 単位でのバックアップが可能です。
SSA ファイルをもらったのですが、どうやって開くのですか？
SSA ファイルは、無料の Subio Platform にインポートすることで、その中に入っているデータを見ることができます。このデータを見るのにプラグインは必要ありませんが、あなた自身でそのデータに対して追加解析を行いたい場合はプラグインの購入をご検討ください。 Subio Platform のダウンロード SSAファイルで、オミクスデータの深く共有する。 Download オミクスデー...
どのくらいのメモリーが必要ですか？
必要なメモリー（RAM）の容量は、完全に扱うデータの大きさ（遺伝子数×サンプル数）に依存します。システム条件では２ＧＢ以上と書いてはいますが、これはそれだけあれば解析できるという意味ではありません。現実的には、64-bit OS で８GB以上のメモリーをお勧めします。CGHアレイ、ChIP-Sep、Methyl-Seqなど大量のデータを解析する場合は、６４ＧＢ以上の高速メモリ と M.2 S...
どれくらいのサンプル同時に解析することができますか？
これは、コンピューターに搭載しているメモリー（RAM）の容量に依存します。具体的に何サンプル解析できるか言うことは難しいですが、おおよその目安は下記を参考になさってください。4GB RAM を搭載したコンピューターで解析できる１ Series あたりのサンプル数です。 25,000 プローブの場合、＜100 サンプル 50,000 プローブの場合、＜50 サンプル 250,000 プローブの...
Subio Platform は、ネットワークドライブで共有できません
Subio Platform を複数のユーザーから同時にアクセスできるネットワークドライブなどにインストールして使用しないでください。Subio Platform はシングルユーザーを前提に作られており、マルチユーザーの使用を前提としておりませんので、データが壊れます。テクニカルサポートの対象外となります。できるだけ、My Documents など、他の人からアクセスされることのないパーソナ...
Subio Platform のインストーラをダウンロードできません。
ウェブブラウザーのセキュリティの設定でファイルをダウンロードできないようになっていないかご確認ください。別のウェブブラウザーを使うとダウンロードできることがあります。もし、ネットワークポリシーによりダウンロードを許可されていないようでしたら、別のネットワークからアクセスしてダウンロードしてください。 ダウンロードができないという旨をご連絡いただきましたら、他のチャンネルを使ってインストーラを...