マイクロアレイデータ解析の「実践的」チュートリアル
このチュートリアルは、ウェットの生物学・医学・農学系研究者がマイクロアレイのデータ解析を学習することを想定し、データの取得から生物学的解釈まで一通りの流れを解説したものです。マイクロアレイのデータ解析についてよく知らない人ほど、正しい解析方法というものがあって、正しく解析された結果を取得したいと考える傾向があります。GSE97918は、データ解析がそのようなものではないということを学べる良い...
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RNA-Seq データ解析の「実践的」チュートリアル
このチュートリアルは、生物学・医学・農学系研究者がRNA-Seqのデータ解析を学習することを想定し、発現量データ（数値のテキストファイル）のインポートから生物学的解釈まで一通りの流れを解説したものです。FASTQファイルから始める場合、FASTQから発現量を算出までのパイプラインを別のチュートリアルにまとめてありますのでそちらをご覧ください。 ここではSubio Platform という解析...
TCGAのRNA-Seqデータをインポートする
TCGAのRNA-Seqデータをインポートする Download Subio Platform v1.20.5009 では、TCGAまたはTARGETプロジェクトの、さまざまな癌の遺伝子発現データをGDCサイトから直接ダウンロードしてインポートすることができるようになりました。発現量データだけでなく、サンプル情報も合わせて取得されるので、データ解析や探索を簡単に始めることができます。 デー...
TCGAのmiRNA-Seqデータをインポートする
TCGA の miRNA-Seq データを解析する。（AMLの例） Download Subio Platformを使うと、TCGAのmiRNA-Seqのデータを簡単にインポートして、解析することができます。AMLのデータの解析例をご覧ください。
エクセルのデータを Subio Platform にインポートする
もしエクセルで発現データをお持ちでしたら、下のチュートリアルムービーのようにSubio Platformでそのデータを視覚化・解析することができます。 エクセルのデータは、基本的に３つの部分からなっています。 遺伝子アノテーション 発現シグナル サンプル情報 このムービーでは、これらのパートを別々に分けて、それぞれ、（１）Platformの作成、（２）Sampleのインポート、（３）Samp...