マイクロアレイデータ解析の「実践的」チュートリアル
このチュートリアルは、ウェットの生物学・医学・農学系研究者がマイクロアレイのデータ解析を学習することを想定し、データの取得から生物学的解釈まで一通りの流れを解説したものです。マイクロアレイのデータ解析についてよく知らない人ほど、正しい解析方法というものがあって、正しく解析された結果を取得したいと考える傾向があります。GSE97918は、データ解析がそのようなものではないということを学べる良い...
- Ratio to Control Samples×
RNA-Seq データ解析の「実践的」チュートリアル
このチュートリアルは、生物学・医学・農学系研究者がRNA-Seqのデータ解析を学習することを想定し、発現量データ（数値のテキストファイル）のインポートから生物学的解釈まで一通りの流れを解説したものです。FASTQファイルから始める場合、FASTQから発現量を算出までのパイプラインを別のチュートリアルにまとめてありますのでそちらをご覧ください。 ここではSubio Platform という解析...
TCGAのDNAメチル化データをインポートして解析する。
TCGA のメチル化データをインポートする。 Download Subio Platform v1.20.5031 では、GDC (TCGAプロジェクトデータの提供サイト) から、さまざまながんにおけるDNAメチル化データを自動的にダウンロードする機能を搭載しました。どなたでも簡単にこれらのデータ解析を始めらることができます。 データインポートから解析まで一通り学びたい方は、オンライントレ...
マルチオミクスのデータを統合する
integrate multi-omics data sets Download このデモでは、擬似的なトランスクリプトミクス、プロテオミクス、メタボロミクスのデータセットを統合し、Subio Platform の Pathway View にまとめて表示する方法をご紹介します。 やり方は二通りあります。 元のIDを保持したまま、Platformを統合する 元のIDは使わず、Gene ID...
Paired T-test で解析するにはどうすればいいですか？
患者さんのデータを解析するとき、個体差が大きくて知りたい要因の効果を検出することが難しいことがよくあります。もし、同じ患者さんから比較可能な２種類のサンプルを取れるなら、そうすることで検出力が大きく向上させられる可能性があります。というのは、それぞれの患者さんにおけるコントロールと比較対象の差を取り出すことができますので、その差の平均値と分散を解析することで、個体差に惑わされることなく調べた...
エクセルのデータを Subio Platform にインポートする
もしエクセルで発現データをお持ちでしたら、下のチュートリアルムービーのようにSubio Platformでそのデータを視覚化・解析することができます。 エクセルのデータは、基本的に３つの部分からなっています。 遺伝子アノテーション 発現シグナル サンプル情報 このムービーでは、これらのパートを別々に分けて、それぞれ、（１）Platformの作成、（２）Sampleのインポート、（３）Samp...
ノーマライズ： Fill Missing Values ブロックの使い方
Fill Missing Values ブロックの使い方 Download Fill Missing Value を使う必要のあるデータは、その扱い方に少しクセがあるということです。特に次世代シーケンサーを使ったRNA-Seq、ChIP-Seqなどのデータや質量分析で測定したプロテオミクスデータなどには、原理的にたくさんの欠損値、または '0' が含まれています。このムービーでは、そのよう...