メチル化データ解析チュートリアル
これからご紹介する方法は、Illuminaのどのメチル化アレイにも適用できるのはもちろん、シーケンサーなど別のテクノロジーを使って測定したデータにも幅広く応用できます。ポイントとなるのは、膨大なメチル化サイトを二つのカテゴリー、つまりプロモーター領域とそれ以外に分けることです。プロモーター領域と CpGアイランドは重複していることが多いですが、完全に一致するものではありません。ヒトの遺伝子の...
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bigWig ファイル（ChIP-Seqのデータ）を Subio Paltform にインポートする
bigWig ファイル（ChIP-Seqのデータ）を Subio Paltform にインポートする Download bigWigファイルはサイズが巨大なことが多く、そのままインポートするとSubio Platformがオーバーフローしてしまいがちです。このムービーでは、ゲノム領域を絞ってデータをインポートすることで、データをうまく圧縮する方法を見つける方法を解説します。こうすることで、...
.fastq.gz ファイルを Gene Expression Omnibus (GEO) から入手する方法
GSEからFASTQファイルをダウンロードする場合、サンプルごとに一つ一つダウンロードしなくてはいけないので、かなり面倒ですが、複数の画面を使って同時に実行するとよいでしょう。 手順 1. GEOのウェブサイトで GSM record のページを開く。2. ページの下までスクロールすると、対応するSRXへリンクがあるので、これをクリックする。3. シーケンスリードに関する情報、特にそれが S...
TCGAのDNAメチル化データをインポートして解析する。
TCGA のメチル化データをインポートする。 Download Subio Platform v1.20.5031 では、GDC (TCGAプロジェクトデータの提供サイト) から、さまざまながんにおけるDNAメチル化データを自動的にダウンロードする機能を搭載しました。どなたでも簡単にこれらのデータ解析を始めらることができます。 データインポートから解析まで一通り学びたい方は、オンライントレ...
Agilent マイクロアレイのデータをインポートする（1色法 & 2色法）
アジレントのマイクロアレイデータをインポートする。 Download 00:00 - 01:40１色法のデータをインポートする 01:40 - 02:45２色法のデータをインポートする 02:45 - ２色法のデータをインポートする（dye swap デザインの場合）
Agilent マイクロアレイの Platform を作成する
Create A Platform of An Agilent Microarray Download 遺伝子発現マイクロアレイをお使いの場合は、こちらのパートをご覧ください 0:00 eArray のサイトからアノテーションファイルをダウンロードする 1:00 アノテーションファイルをインポートして、Platform を作成する 1:20 gene symbol 列をセットする 1:30...