メチル化データ解析チュートリアル
これからご紹介する方法は、Illuminaのどのメチル化アレイにも適用できるのはもちろん、シーケンサーなど別のテクノロジーを使って測定したデータにも幅広く応用できます。ポイントとなるのは、膨大なメチル化サイトを二つのカテゴリー、つまりプロモーター領域とそれ以外に分けることです。プロモーター領域と CpGアイランドは重複していることが多いですが、完全に一致するものではありません。ヒトの遺伝子の...
これからご紹介する方法は、Illuminaのどのメチル化アレイにも適用できるのはもちろん、シーケンサーなど別のテクノロジーを使って測定したデータにも幅広く応用できます。ポイントとなるのは、膨大なメチル化サイトを二つのカテゴリー、つまりプロモーター領域とそれ以外に分けることです。プロモーター領域と CpGアイランドは重複していることが多いですが、完全に一致するものではありません。ヒトの遺伝子の...
このチュートリアルは、ウェットの生物学・医学・農学系研究者がマイクロアレイのデータ解析を学習することを想定し、データの取得から生物学的解釈まで一通りの流れを解説したものです。マイクロアレイのデータ解析についてよく知らない人ほど、正しい解析方法というものがあって、正しく解析された結果を取得したいと考える傾向があります。GSE97918は、データ解析がそのようなものではないということを学べる良い...
TCGA のメチル化データをインポートする。 Download Subio Platform v1.20.5031 では、GDC (TCGAプロジェクトデータの提供サイト) から、さまざまながんにおけるDNAメチル化データを自動的にダウンロードする機能を搭載しました。どなたでも簡単にこれらのデータ解析を始めらることができます。 データインポートから解析まで一通り学びたい方は、オンライントレ...
integrate multi-omics data sets Download このデモでは、擬似的なトランスクリプトミクス、プロテオミクス、メタボロミクスのデータセットを統合し、Subio Platform の Pathway View にまとめて表示する方法をご紹介します。 やり方は二通りあります。 元のIDを保持したまま、Platformを統合する 元のIDは使わず、Gene ID...
アジレントのマイクロアレイデータをインポートする。 Download 00:00 - 01:401色法のデータをインポートする 01:40 - 02:452色法のデータをインポートする 02:45 - 2色法のデータをインポートする(dye swap デザインの場合)
Create A Platform of An Agilent Microarray Download 遺伝子発現マイクロアレイをお使いの場合は、こちらのパートをご覧ください 0:00 eArray のサイトからアノテーションファイルをダウンロードする 1:00 アノテーションファイルをインポートして、Platform を作成する 1:20 gene symbol 列をセットする 1:30...
Create A Platform of An Affymetrix Gene Chip Download 0:00 Affymetrix のウェブサイトから、CSV 形式の annotation ファイルをダウンロードする 0:30 拡張子を .csv から .txt に変更する 0:45 エクセルで開いてタブ区切りテキスト形式のファイルに変換する、ただしこのやり方でないと、一部の G...
TACソフトウェアを使ってCELファイルを処理し、そこからエクスポートしたSignal値と遺伝子アノテーションを、Subio Platformにインポートする。 Download Subio Platformは、GeneChipのCELファイルを直接扱うことができません。そこで、Thermo Fisher Scientificのウェブサイトから無料で入手できるTranscriptome A...
簡単かつ詳細なマイクロアレイデータ解析の例 Download 多くの人が統計学などの特別なツールがないとデータ解析はできないと思っているようですが、オミクスデータ解析の本質にとってツールはそれほど重要ではありません。逆に言うと、そのツールさえ使っていれば解析については安心だということもないのです。大事なのは、データがどのようなものか、そしてどのように処理しているかを正しく理解していることで...