メチル化データ解析チュートリアル
これからご紹介する方法は、Illuminaのどのメチル化アレイにも適用できるのはもちろん、シーケンサーなど別のテクノロジーを使って測定したデータにも幅広く応用できます。ポイントとなるのは、膨大なメチル化サイトを二つのカテゴリー、つまりプロモーター領域とそれ以外に分けることです。プロモーター領域と CpGアイランドは重複していることが多いですが、完全に一致するものではありません。ヒトの遺伝子の...
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マイクロアレイデータ解析の「実践的」チュートリアル
このチュートリアルは、ウェットの生物学・医学・農学系研究者がマイクロアレイのデータ解析を学習することを想定し、データの取得から生物学的解釈まで一通りの流れを解説したものです。マイクロアレイのデータ解析についてよく知らない人ほど、正しい解析方法というものがあって、正しく解析された結果を取得したいと考える傾向があります。GSE97918は、データ解析がそのようなものではないということを学べる良い...
RNA-Seq データ解析の「実践的」チュートリアル
このチュートリアルは、生物学・医学・農学系研究者がRNA-Seqのデータ解析を学習することを想定し、発現量データ（数値のテキストファイル）のインポートから生物学的解釈まで一通りの流れを解説したものです。FASTQファイルから始める場合、FASTQから発現量を算出までのパイプラインを別のチュートリアルにまとめてありますのでそちらをご覧ください。 ここではSubio Platform という解析...
RNA-Seq データ解析のための、正規化のプリセット・シナリオの解説
これは Subio Platform でRNA-Seqデータの正規化・前処理を行う手順の解説です。R/Bioconductorなどを使われている方にとっても、下記のコンセプトを理解することは有益です。 正規化と前処理の適切なやり方を見つける。 Download Subio Platformでは、下記のプリセットのシナリオを用意しています。データに合わせて選択し、それをベースにデータの特徴に合...
TCGAのDNAメチル化データをインポートして解析する。
TCGA のメチル化データをインポートする。 Download Subio Platform v1.20.5031 では、GDC (TCGAプロジェクトデータの提供サイト) から、さまざまながんにおけるDNAメチル化データを自動的にダウンロードする機能を搭載しました。どなたでも簡単にこれらのデータ解析を始めらることができます。 データインポートから解析まで一通り学びたい方は、オンライントレ...
階層型クラスタリング
ツリークラスタリング：パターンの似た遺伝子グループを概観する。 Download 階層型クラスタリングは発現パターンの似ている遺伝子郡をグループにまとめたり、発現プロファイルの似ているサンプル群をグループにまとめたりして、全体像を大まかに把握するのに便利です。 00:00 Tree Clustering を実行する前に、下記のようなノイズとなる遺伝子群を除去する 値が低すぎて、測定値が信用...
主成分分析（PCA）
主成分分析（PCA）：発現プロファイルの違いを概観する。 Download 主成分分析（PCA）は発現プロファイルによるサンプル間の近似度を視覚化します。近くにあるサンプル同士は発現プロファイルが似ています。また、0を境にスコアが正の方向と負の方向に分かれている場合は、逆向きに動いていることを表しています。 このツールの使い方がよくわからないときは、無料オンラインサポートをお申し込みください。
Genes Tied in Parameter の使い方
がんステージ・年齢・用量などと、相関する遺伝子を抽出する。 Download Genes Tied in Parameter ツールは、たとえば年齢、処理後の経過時間、生存期間などの数値パラメータと、発現パターンが相関あるいは逆相関の関係になっている遺伝子を抽出します。 このツールの使い方がよくわからないときは、無料オンラインサポートをお申し込みください。
発現パターンの似た遺伝子の抽出
選択中の遺伝子から、挙動の似ている遺伝子を抽出する。 Download Find Similar Patterns ツールは、選択している遺伝子（または遺伝子群の平均パターン）と、発現パターンがよく似ている／逆向きの遺伝子を検索・抽出するものです。近似度の測定方法として相関係数（Pearson Correlation）、コサイン類似度（Uncentered Correlation）、スピア...