変異データ解析チュートリアル（RNA-Seq の FASTQ ファイルから）
特にWindowsをお使いの方にとっては、RNA-SeqのFASTQファイルから GATKを使って変異を検出するもっとも簡単な方法だと思います。そして、たとえば Normal vs. Disease のような実験において、Disease で多く見られる変異、あるいはDiseaseで変異の多い遺伝子をもっとも簡単に抽出することができるツールでしょう。 RNA-SeqのFASTQファイルから、ゲ...
- Genomic Location & Sequence×
マイクロアレイデータ解析の「実践的」チュートリアル
このチュートリアルは、ウェットの生物学・医学・農学系研究者がマイクロアレイのデータ解析を学習することを想定し、データの取得から生物学的解釈まで一通りの流れを解説したものです。マイクロアレイのデータ解析についてよく知らない人ほど、正しい解析方法というものがあって、正しく解析された結果を取得したいと考える傾向があります。GSE97918は、データ解析がそのようなものではないということを学べる良い...
Aggregate Variants per Exon ツール、および Filter by Exon ツールの使い方
ターゲット遺伝子のエクソンごとに変異を集計する。特定のエクソン上の変異を抽出する。 Download このツールは、Aggregate Variants や Aggregate Variants per Gene ツールで解析した後に使用してください。対象遺伝子の候補をリストアップした後、候補ごとにエクソンごとに要約することができます。 また、エクソンによるフィルタツールは、指定された転写...
RNA-Seq データ解析の「実践的」チュートリアル
このチュートリアルは、生物学・医学・農学系研究者がRNA-Seqのデータ解析を学習することを想定し、発現量データ（数値のテキストファイル）のインポートから生物学的解釈まで一通りの流れを解説したものです。FASTQファイルから始める場合、FASTQから発現量を算出までのパイプラインを別のチュートリアルにまとめてありますのでそちらをご覧ください。 ここではSubio Platform という解析...
TSS Plot
TSS Plot Download TSS Plot ツールは、何らかの値とTSSからの相対距離の関係を視覚化するものです。 よくあるのは、転写調節因子の結合や、DNAまたはヒストンの就職などのイベントの数をヒストグラムで表した図です。Subio PaltformのTSS Plotでは、さらに、メチル化比率や、メチル化状態の上昇または減退といった変化、遺伝子発現パターンとメチル化状態の変化...
１クリックでプローブ配列をブラストできるようにする方法
Annotations タブから１クリックでプローブシーケンスをBLASTしたい場合は、下記の定義文をWeb Linkに設定してください。 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi?CMD=Put&QUERY=[SEQUENCE]&PROGRAM=blastn&FILTER=L&DATABASE=nr&A...
Genome View の使い方
Genome View の使い方 Download Genome View は、ChIP-SeqやMethyl-Seq、タイリングアレイ、CGH アレイなどのゲノムの位置と深くかかわるデータの解析に必須のゲノムブラウザーです。遺伝子発現データを見ているときも、この視覚化ツールを使って発現が上昇あるいは減少している遺伝子群が、染色体の特定の領域に固まって存在しているかどうかを確認することで、...
Find Regions from Seq の使い方
ゲノム上で、指定した塩基配列の個所を検索する。 Download Find Regions from Seq ツールは、特定の塩基配列を検索して、その位置を Region List として保存するものです。このムービーでは、FOXO1の制御配列を遺伝子の上流域に対して検索し、FOXO1によって制御されている可能性のある遺伝子を抽出します。 このツールの使い方がよくわからないときは、無料オン...
Measurement to Region および Region Score Filter の使い方
MeasurementをRegionに変換する。Regionにフィルターをかける。 Download Seriesは一度にひとつずつしかロードできませんので、あるSeriesで使っていた Measurement List や DataSet は、別の Series をロードすると利用できなくなります。そこで、これらのデータを Region List に変換しておくと、Seriesをまたがっ...
Summarize および Create Intervals の使い方
染色体に沿って、値が高い・低い領域を視覚化する。 Download Summarize ツールを使うと、近接するタグやプローブをまとめて平均値などにして、全体的なトレンドを視覚化できます。たとえば、遺伝子発現やDNAメチル化の度合いが高く（または低く）なっている染色体領域を把握するのにとても便利です。 まとめる単位は、遺伝子の転写領域や、コーディング領域、上流域、下流域、あるいは決まったサ...
Get Sequence の使い方
ゲノム上の複数の領域を指定して、そのゲノム配列をFASTAにする。 Download 特定の発現パターンを示す遺伝子リストを抽出した後、それら遺伝子群の上流域の塩基配列がほしい場合があります。Get Sequence ツールは、そのような遺伝子群を指定して相対的な位置の塩基配列を取得するものです。 このツールの使い方がよくわからないときは、無料オンラインサポートをお申し込みください。
Genomic Location Filter の使い方
ゲノム上の相対的な位置関係から、遺伝子やプローブなどを抽出する。 Download Geomic Location Filter ツールは、ゲノム上の相対的な位置に基づいて、ゲノム上のエレメント（遺伝子、プローブ、結合部位、メチル化サイトなど）を抽出するのに使います。このチュートリアルムービーでは、PHF8の結合部位を遺伝子の上流 2000 bp の範囲から抽出したり、逆にPHF8の結合部...