1. サポート
2. Help - ソフトウェアの使い方

TSS Plot Download TSS Plot ツールは、何らかの値とTSSからの相対距離の関係を視覚化するものです。 よくあるのは、転写調節因子の結合や、DNAまたはヒストンの就職などのイベントの数をヒストグラムで表した図です。Subio PaltformのTSS Plotでは、さらに、メチル化比率や、メチル化状態の上昇または減退といった変化、遺伝子発現パターンとメチル化状態の変化...

複数のPlatformを跨るマルチオミクスデータの統合解析の準備をする。 Download このツールは、複数のオミックスデータセットを統合するために、さまざまなプラットフォームで共通のサンプルを見つけて印を付けます。このツールはFind miRNA Targets や Find Correlated Regions を使って解析を行うための準備を簡単に行えるようにするユーティリティです。...

PCAスコアをエクセルで再現する方法 Download このチュートリアルでは、Subio PlatformのScatter Plot (Samples) Viewで表示されているＰＣＡスコアを、エクセル（あるいは他のソフトウェア）上で再現する手順をご紹介します。 この操作がよくわからないときは、無料オンラインサポートをお申し込みください。

integrate multi-omics data sets Download このデモでは、擬似的なトランスクリプトミクス、プロテオミクス、メタボロミクスのデータセットを統合し、Subio Platform の Pathway View にまとめて表示する方法をご紹介します。 やり方は二通りあります。 元のIDを保持したまま、Platformを統合する 元のIDは使わず、Gene ID...

異なる種類のオミクスデータを統合して、散布図を描く。 Download 異なるタイプのオミクスデータでも Region List に変換しておけば、Scatter Plot of Regions ツールを使って直接比較することができます。 たとえば、遺伝子発現パターンと、その上流域のメチル化サイトのパターンや、染色体のコピー数とその領域にある遺伝子の発現パターンの関係を全体的に把握すること...

遺伝子と近傍の因子で、互いのパターンが相関するペアを探す。 Download Fnd Correlated Regions ツールは、たとえば ChIP-Seq（またはChIP-chip）と遺伝子発現のデータが対でそろっているときや、DNAメチル化データと遺伝子発現データが対でそろっているときなどに、発現パターンを制御している可能性の高い制御因子を抽出することができます。具体的には、遺伝子...

miRNAとターゲット遺伝子で、発現パターンが逆向きのペアを検索する。 Download Find miRNA Targets ツールは、遺伝子とmiRNAの実験データが対でそろっている場合に使えます。ここでは、実験的に検証されたmiRNAとターゲット遺伝子のペアや、計算によって予測されたmiRNAとターゲット遺伝子のペアのうち、発現パターンが逆相関になっているものを抽出します。すべてのペ...