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このチュートリアルは、ウェットの生物学・医学・農学系研究者がマイクロアレイのデータ解析を学習することを想定し、データの取得から生物学的解釈まで一通りの流れを解説したものです。マイクロアレイのデータ解析についてよく知らない人ほど、正しい解析方法というものがあって、正しく解析された結果を取得したいと考える傾向があります。GSE97918は、データ解析がそのようなものではないということを学べる良い...

Creating a platform of Ensembl genes. Download Subio Platform v1.24からは、Ensembl Genes GRCh38.p13バージョンのPlatformがインストーラーにバンドルされています。それ以前のバージョンからお使いのユーザーは、このムービーを見ながらご自身でPlatformを作成してください。 このチュートリアルは、...

このチュートリアルは、生物学・医学・農学系研究者がRNA-Seqのデータ解析を学習することを想定し、発現量データ（数値のテキストファイル）のインポートから生物学的解釈まで一通りの流れを解説したものです。FASTQファイルから始める場合、FASTQから発現量を算出までのパイプラインを別のチュートリアルにまとめてありますのでそちらをご覧ください。 ここではSubio Platform という解析...

Subio Platform v1.20.5009 以降のバージョンには、GDC (TCGAとTARGETのデータ) mRNA-Seqデータ用のプラットフォームが同梱されております。それ以前のバージョンをお使いの方は、テキストファイルをダウンロード してPlatformを作成してください。New Platformウィザードでインポートするだけです。 また、Subio Platform v1....

Create A Platform of An Agilent Microarray Download 遺伝子発現マイクロアレイをお使いの場合は、こちらのパートをご覧ください 0:00 eArray のサイトからアノテーションファイルをダウンロードする 1:00 アノテーションファイルをインポートして、Platform を作成する 1:20 gene symbol 列をセットする 1:30...

Create A Platform of An Affymetrix Gene Chip Download 0:00 Affymetrix のウェブサイトから、CSV 形式の annotation ファイルをダウンロードする 0:30 拡張子を .csv  から .txt に変更する 0:45 エクセルで開いてタブ区切りテキスト形式のファイルに変換する、ただしこのやり方でないと、一部の G...

はい、GEO の Series レコードから、 SOFT format family ファイルをダウンロードして、Subio Platformにインポートしてください。同じGSEのSOFTファイルから、Platformの作成も、実験データのインポートもできます。 ただし、次世代シーケンサーのデータはSOFTファイルの中に入っていません。このようなGSEを再解析したい場合は、もしSupplem...

Genomeのデータから、measurementにアノテーションをつける。 Download タイリングアレイ、ChIP-chip、CGH アレイ、メチレーションアレイ、ChIP-Seq、Methyl-Seqなどのデータを解析するとき、ただの位置情報だけあって遺伝子のアノテーションがないことがよくあります。 そのようなときは、Annotate Measurements ツールを使って近傍の...

Web Link は、あなたが検索したいデータベースのリンクを自由に設定することができますが、Platformを作るたびに一から設定しなおすは面倒です。そこで、既にリンクを定義済みのPlatformからまとめて移す方法をご紹介します。 Annotations タブを開き、アノテーションテーブルの上で右クリックしたら、Edit Web Search を選択します。 Export ボタンを押し...

遺伝子アノテーションは継続的に更新されていきますので、Platformは作成した後も定期的に更新してメンテナンスする必要があります。通常マイクロアレイのメーカーは定期的にアノテーションファイルを更新して、ウェブサイトから公開しています。そのような更新の案内をEメールで受け取ったら、Platformの更新を行ってください。 最新のアノテーションファイルをダウンロードする。ダウンロードしたファ...

web linkの定義のしかた Download Subio Platform を使って特定の発現パターンを示す遺伝子を取り出すことは簡単です。こうして取り出した遺伝子について、生物学的な情報をウェブデータベースで検索するのを簡単にするするのが、ウェブリンクの設定です。Subio Platform では、非常にユーザーが自由にウェブリンクを設定することができるようになっていますので、あなた...

もしエクセルで発現データをお持ちでしたら、下のチュートリアルムービーのようにSubio Platformでそのデータを視覚化・解析することができます。 エクセルのデータは、基本的に３つの部分からなっています。 遺伝子アノテーション 発現シグナル サンプル情報 このムービーでは、これらのパートを別々に分けて、それぞれ、（１）Platformの作成、（２）Sampleのインポート、（３）Samp...

Subio Platform 上の Genome データは、GFF ファイルから生成することができます。そして、Rice 遺伝子の GFF ファイルは下記のリンクからダウンロードすることあできます。 https://rapdb.dna.affrc.go.jp/download/irgsp1.html しかし、下のリンクからSOAファイルをダウンロードすると、その中にこの Rice ゲノムと一...