EnsemblのFTPでは、最新版のGTFがcurrentという名前で提供されています。そして、よく見るとたくさんのバージョンがあって、どれでもダウンロード可能です。何かのツールの操作方法を学びながらやっていると、特定のバージョン番号を記述していたりしますが、それが最新版でないときもあります。どちらのバージョンを選択するのがいいのでしょうか？ これについては、どのバージョンでもいいと思いま...
TCGA-READ: analysis of the methylation alteration and survival rate. Download このチュートリアルは、下記の４つのパートで構成されます。目安の時間をあわせて表記していますので、見る必要のないところは飛ばしていただいて結構です。 Part1 '00"00 - 準備 以前投稿したTCGAのメチル化データを解析するムービ...
オミクスデータの解析は、標準的なワークフローに従ってできるようなものではありません。実際の解析は（１）データを見て、（２）何かを見つけて、（３）見つけたことを検証する、という過程を繰り返すサイクルのようなものです。 （１）データを見る: オミクスデータは、先入観なしに見なければなりません。なぜなら、大きなデータセットには必ず非線形のバイアスや人工的な影響が紛れ込んでいるからです。教科書のよ...
The Cancer Genome Atlas (TCGA) は、がんに関するマルチオミクスデータとクリニカル情報の大量に蓄積しているサイトです。 このケーススタディでは、normal と tumor のグループ間で発現差のある遺伝子（DEGs）を抽出し（part 1）、発現を制御している可能性のあるmiRNAの抽出を行います（part 2）。ただし、下記のムービーで見るものより、TCGAの...
GSE32006 は、アジレントの遺伝子発現マクロアレイと、エクソンアレイの二つのサブセットから構成されています。hg19のゲノムをロードして、Genome Viewで見ると、遺伝子発現のプローブと、エクソン発現のプローブの位置と、それらの測定したシグナル値を見ることができます。 GSE32006の解析データ (SOAファイル)。Subio Platformにインポートすると詳しくご覧いただ...
このムービーでは、ChIP-Seq データ（GSE11431）から生成された BED ファイルを Subio Platform にインポートして視覚化、解析するところをご覧いただけます。プロモーターアレイを使ったChIP-on-chipデータの解析も、これと同じようにできます。 Analyzing ChIP-seq data (GSE11431) Download 元データ https://...