RNA-Seqによる発現データの解析には、リードカウントではなくTPM、FPKM、またはRPKMを用いるべきだと信じている人が多いです。その理由の一つに、サンプル間の系統誤差を回避することがあげられます。しかし、100万リードあたりで均すやり方は、一種のグローバルノーマライズに過ぎず、これで除去できるのは線形の系統誤差だけです。これは、現実のオミクスデータ解析に対して甘すぎる前提と言わざるを...
CpG アイランドでは多くの場合脱メチル化されていることが知られています。しかし、実際の測定データを見ると多くの例外を簡単に見つけることができます。GSE97484 （DNAメチル化アレイと、H3K4me3 および H3K27ac のChIP-Seq 測定データを含むマルチオミクスのデータセット）を例にとって、DNAの脱メチル化について詳しく見てみましょう。 ゲノムブラウザー上でベータ値を棒...
経験の浅い人ほどP値を過信する傾向がありますが、P値を上手に使うためにはバランスの取れた視点が必要です。P値は物差しの一つでしかありません。 まず、P値とは何かを正確に知るべきです。統計学的有意であることと、生物学的有意であることの間には、なんの関係もありません。下記のStatementをよくご覧ください。 AMERICAN STATISTICAL ASSOCIATION RELEASES ...
遺伝子の発現量を測定する技術は、少なくとも2004年までには現在の水準に達していますので、ちゃんとしたスキルを持つ実験者により測定されたデータであれば、信頼できると言えます。一方で、マイクロRNAの発現量の測定は今なお難しいです。miRNAの発現データが、遺伝子発現データと同等に信頼できるものではないということは知っておいたほうが良いでしょう。ここでは、hepatocellular carc...
オミクスデータは、実験日、実験者、実験室、機械、試薬またはもっと微妙な何かの差の影響を敏感に受けます。 従って、オミクスデータは純粋に真実を反映しているのではなく、何らかの非線形系統誤差が必ずかかっているものと見做すべきです。 比較（あるいは解析）可能なのは、同質の系統誤差がかかっている（以降、"同じタイプ" と言う）のサンプルの間だけで、異質の系統誤差のかかった（以降、"異なるタイプ" と...
1. 実験区とN数の割り当てこそ、工夫のしどころです。 予算・時間・人員が無尽蔵に使えるのであれば、理論上最適な実験計画を策定すれば済むことなのですが、現実世界には様々な制約があります。 マイクロアレイやRNA-Seqでいちばんネックとなるのは予算でしょう。 統計学が想定するサンプル数に対してオミクス実験のサンプル数は少な過ぎるので、統計学的要求に闇雲に従うのは無意味です。 私たちの解析経験...
TCGA-READ: analysis of the methylation alteration and survival rate. Download このチュートリアルは、下記の４つのパートで構成されます。目安の時間をあわせて表記していますので、見る必要のないところは飛ばしていただいて結構です。 Part1 '00"00 - 準備 以前投稿したTCGAのメチル化データを解析するムービ...
GSE34403は、Bisulphite Sequencing のデータと、Methylation BeadChip のデータを両方含んでいます。二つの手法から得られるデータの質を比べるのに役に立つでしょう。 Comparing Bisulphite Sequencing And Methylation Array Download 0:00 概要説明 0:10 bisulphite seq...
実験をやる前に測定システムの能力をアセスメントしていますか？営業マンがもってくる”質の高い”データを想定して実験計画を策定するより、公共データベースから他の研究者が実際に出した実験データくらい”質が低い”ものをベースに考えるほうが現実的です。あなたが必要とするレベルのデータを得るにはどの手法を選択すべきかを事前に見究めることができれば、多くの時間とお金を確実に節約できます。 私たちのData...
ほとんどの方が発現差のある遺伝子群（DEGs）、つまりあるグループで高発現していて、もう片方のグループで低発現しているパターンを示す遺伝子群を探そうとします。しかし、このような遺伝子が原因遺伝子であるのは、下記のモデルのうち single factor model でしかなく、これは高度に複雑な生物現象の中では極めて稀だと思います。それ以外の下記のようなシンプルなモデルにおいて、遺伝子発現が...
Ch1RawSignal は Subio Platform にインポートした生の値です。２色法の実験データを取り込んでいたら、Ch2RawSignal もあります。 Processed Signals は、Setup Series タブの Normalization で定義されたプロセスによって、Ch1RawSignal から作られた値です。 Normalization の編集パネルでは、最...
GSE32006 は、アジレントの遺伝子発現マクロアレイと、エクソンアレイの二つのサブセットから構成されています。hg19のゲノムをロードして、Genome Viewで見ると、遺伝子発現のプローブと、エクソン発現のプローブの位置と、それらの測定したシグナル値を見ることができます。 GSE32006の解析データ (SOAファイル)。Subio Platformにインポートすると詳しくご覧いただ...
アジレントのマイクロアレイは、１色法または２色法の実験デザインが可能ですが、あなたの研究にはどちらを選ぶのがよいでしょうか？ GSE27183 は１色法と２色法を同時に行っているので、参考になるでしょう。 １色法のメリット コストが安い 実験デザインが柔軟で、複雑な研究も可能 ２色法のメリット １色法で２サンプルを比較するより、発現差を検出する点において感度と精度が高い。ただしこれは、２つの...
The Nottingham Arabidopsis Stock Centre (NASC) は、種と情報を研究者に提供しています。https://arabidopsis.info/ ここにあるマイクロアレイデータの一部が NCBI の Gene Expression Omnibus (GEO) に登録されていますので、2068 サンプルをSubio Platform にインポートして、これ...
下記の二つの Series は、マウスの乳腺の発達をおったタイムコースの実験データです。この二つの研究はそれぞれどくりつしておこなわれたものですが、結果はみごとな一致を見せています。 Scan genes over series ツールを使うと、このような発見が簡単にできるようになります。 Data Source: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/quer...
オンチップ レプリケート マイクロアレイではよくあることですが、同じプローブがスライド上に複数回スポットされていることがあります。これをオンチップレプリケートと呼び、Subio Platformのデフォルトでは、測定値の中央値をSignalとして採用します。 同一遺伝子に設計された複数のプローブ また、これもよくあることですが、同一遺伝子に複数のプローブが設計されていることがあります。これは...