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これからご紹介する方法は、Illuminaのどのメチル化アレイにも適用できるのはもちろん、シーケンサーなど別のテクノロジーを使って測定したデータにも幅広く応用できます。ポイントとなるのは、膨大なメチル化サイトを二つのカテゴリー、つまりプロモーター領域とそれ以外に分けることです。プロモーター領域と CpGアイランドは重複していることが多いですが、完全に一致するものではありません。ヒトの遺伝子の...

このチュートリアルは、ウェットの生物学・医学・農学系研究者がマイクロアレイのデータ解析を学習することを想定し、データの取得から生物学的解釈まで一通りの流れを解説したものです。マイクロアレイのデータ解析についてよく知らない人ほど、正しい解析方法というものがあって、正しく解析された結果を取得したいと考える傾向があります。GSE97918は、データ解析がそのようなものではないということを学べる良い...

Subio Platform にRNA-SeqのFASTQファイルをインポートするのは、  fastp 、 HISAT2 、 StringTie という３つのツールからなるパイプラインを実行させ、発現量を計算することになります。ただし、ワークステーションも、UNIXのコマンドラインによる操作スキルも必要ありません。普通のWindowsまたはMacのコンピューターで動かせます。特にWindow...

このチュートリアルは、生物学・医学・農学系研究者がRNA-Seqのデータ解析を学習することを想定し、発現量データ（数値のテキストファイル）のインポートから生物学的解釈まで一通りの流れを解説したものです。FASTQファイルから始める場合、FASTQから発現量を算出までのパイプラインを別のチュートリアルにまとめてありますのでそちらをご覧ください。 ここではSubio Platform という解析...

TCGA のメチル化データをインポートする。 Download Subio Platform v1.20.5031 では、GDC (TCGAプロジェクトデータの提供サイト) から、さまざまながんにおけるDNAメチル化データを自動的にダウンロードする機能を搭載しました。どなたでも簡単にこれらのデータ解析を始めらることができます。 データインポートから解析まで一通り学びたい方は、オンライントレ...

TCGA の miRNA-Seq データを解析する。（AMLの例） Download Subio Platformを使うと、TCGAのmiRNA-Seqのデータを簡単にインポートして、解析することができます。AMLのデータの解析例をご覧ください。

２群間での発現差解析を、まとめて実行する。 Download 発現差のある遺伝子を、１対Ｎまたは総当たりの組み合わせでまとめて抽出することができます。大量の組み合わせがあるときにとても便利なツールです このツールの使い方がよくわからないときは、無料オンラインサポートをお申し込みください。 関連トピック T検定により発現差のある遺伝子を抽出する

PCAスコアをエクセルで再現する方法 Download このチュートリアルでは、Subio PlatformのScatter Plot (Samples) Viewで表示されているＰＣＡスコアを、エクセル（あるいは他のソフトウェア）上で再現する手順をご紹介します。 この操作がよくわからないときは、無料オンラインサポートをお申し込みください。

Subio Platform & Plug-ins ユーザーガイド このマニュアルは、用語やコンセプトを理解するための補助的資料ですが、それ以上のものではありません。操作を学ぶのはムービーチュートリアルのほうが適しています。解析ガイド では、全体のワークフローが示されています。各ステップをクリックすると、それに関連するチュートリアルが表示されますので、これを見ながら進められる人は進め...

２群間で、統計学的有意に発現差のある遺伝子を抽出する。 Download Compare to Control ツールと Compare 2 Groups ツールは、Basic Plug-inの中でも Filter ツールの次に使用頻度が高いツールでしょう。Fold差や統計検定によって発現差がある遺伝子（DEG）を抽出し、Volcano Plot を描画します。検定は、one-sample...

フィルターで、測定値の信頼できない遺伝子を除く。 Download 統計解析をする前に、解析にとってノイズとなる遺伝子を Filter ツールを使って除きましょう。具体的には、すべてのサンプルにおいてシグナルがノイズ領域から出ない遺伝子や、発現変動しない遺伝子を除きます。 このツールの使い方がよくわからないときは、無料オンラインサポートをお申し込みください。 0:10 ここで例として使うデ...

Windows 10 の新機能で「ランダムなハードウェアアドレス」を使うことができるようになっています。しかしこの機能を使うと、Subio Platformでプラグインをアクティベートしても利用できなくなる可能性があります。プラグインを使っているお客様は、この機能を有効にしないようご注意ください。 参考資料 https://www.ietf.org/proceedings/93/slides...

ツリークラスタリング：パターンの似た遺伝子グループを概観する。 Download 階層型クラスタリングは発現パターンの似ている遺伝子郡をグループにまとめたり、発現プロファイルの似ているサンプル群をグループにまとめたりして、全体像を大まかに把握するのに便利です。 00:00 Tree Clustering を実行する前に、下記のようなノイズとなる遺伝子群を除去する 値が低すぎて、測定値が信用...

患者さんのデータを解析するとき、個体差が大きくて知りたい要因の効果を検出することが難しいことがよくあります。もし、同じ患者さんから比較可能な２種類のサンプルを取れるなら、そうすることで検出力が大きく向上させられる可能性があります。というのは、それぞれの患者さんにおけるコントロールと比較対象の差を取り出すことができますので、その差の平均値と分散を解析することで、個体差に惑わされることなく調べた...

主成分分析（PCA）：発現プロファイルの違いを概観する。 Download 主成分分析（PCA）は発現プロファイルによるサンプル間の近似度を視覚化します。近くにあるサンプル同士は発現プロファイルが似ています。また、0を境にスコアが正の方向と負の方向に分かれている場合は、逆向きに動いていることを表しています。 このツールの使い方がよくわからないときは、無料オンラインサポートをお申し込みください。

グループ間で、統計学的有意に発現差のある遺伝子を抽出する。 Download ２郡間で発現差がある遺伝子を知りたい場合は、Ｔ検定を使いますが、３つ以上のグループ間で発現差があるかどうかを知りたい場合はANOVA（分散分析）を使うように、と統計学の教科書では言われています。（現実の解析における対応は別として） ANOVAを実行すると、p-value または BH FDRにより補正された q-...

選択中の遺伝子から、挙動の似ている遺伝子を抽出する。 Download Find Similar Patterns ツールは、選択している遺伝子（または遺伝子群の平均パターン）と、発現パターンがよく似ている／逆向きの遺伝子を検索・抽出するものです。近似度の測定方法として相関係数（Pearson Correlation）、コサイン類似度（Uncentered Correlation）、スピア...

シリアルナンバーを使ってプラグインをアクティベートするには、Subio Platformがインターネット経由でライセンスサーバーにアクセスする必要があります。しかし、お客様のネットワーク環境によってはSubio Platformがサーバーにアクセスできず、その結果、アクティベーションに失敗することがあります。 このようなときは、エラーが発生した時に現れるダイアログに従って、error log...

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