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これからご紹介する方法は、Illuminaのどのメチル化アレイにも適用できるのはもちろん、シーケンサーなど別のテクノロジーを使って測定したデータにも幅広く応用できます。ポイントとなるのは、膨大なメチル化サイトを二つのカテゴリー、つまりプロモーター領域とそれ以外に分けることです。プロモーター領域と CpGアイランドは重複していることが多いですが、完全に一致するものではありません。ヒトの遺伝子の...

このチュートリアルは、ウェットの生物学・医学・農学系研究者がマイクロアレイのデータ解析を学習することを想定し、データの取得から生物学的解釈まで一通りの流れを解説したものです。マイクロアレイのデータ解析についてよく知らない人ほど、正しい解析方法というものがあって、正しく解析された結果を取得したいと考える傾向があります。GSE97918は、データ解析がそのようなものではないということを学べる良い...

このチュートリアルは、生物学・医学・農学系研究者がRNA-Seqのデータ解析を学習することを想定し、発現量データ（数値のテキストファイル）のインポートから生物学的解釈まで一通りの流れを解説したものです。FASTQファイルから始める場合、FASTQから発現量を算出までのパイプラインを別のチュートリアルにまとめてありますのでそちらをご覧ください。 ここではSubio Platform という解析...

遺伝子リストから関連の示唆されるＧＯやパスウェイを検索する。 Download Enrichment Analysis tool は、抽出した遺伝子リストを生物学的コンテキストで解釈するのによく使われます。Gene Ontology (GO）はもちろんですが、パスウェイやサイトバンド、タンパクドメイン、miRNAのターゲットや転写因子のターゲット検索など、幅広い用途に使える便利なツールです...

複数のPlatformを跨るマルチオミクスデータの統合解析の準備をする。 Download このツールは、複数のオミックスデータセットを統合するために、さまざまなプラットフォームで共通のサンプルを見つけて印を付けます。このツールはFind miRNA Targets や Find Correlated Regions を使って解析を行うための準備を簡単に行えるようにするユーティリティです。...

GO解析について Gene Ontology (GO) 解析でしたら、(1) DAVID Functional Annotation のウェブツールを使うか、(2) Advanced Plug-in に含まれる "Enrichment Analysis" ツールを使ってできます。さらに、後者は System Plug-in に含まれる "Import MSigDB Gene Sets" ツー...

KEGG Pathway Converterツールは、下記の理由でファイルの保存ができないことがあります。 URLが間違っている。正しいアドレスを入力してください。 一次的にネットワークまたはサーバーがダウンしている。しばらく時間をおいてお試しください。 ネットワークポリシーで通信を遮断されている。 原因が３かどうかを確認するには、別のネットワーク（自宅や携帯電話のテザリングなど）から実行し...

カプランマイヤー生存曲線を描画する。 Download Kaplan-Meier Survival Curve Tool を使って、カプランマイヤー生存曲線を描画するための準備について解説します。 ある治療を実施したグループとそうでないグループに分けて生存率を比較するなどはこれまで沢山の報告があります。Subio Platformに蓄積されたオミクスデータを使えば、たとえば、特定の遺伝子が...

Subio Platform & Plug-ins ユーザーガイド このマニュアルは、用語やコンセプトを理解するための補助的資料ですが、それ以上のものではありません。操作を学ぶのはムービーチュートリアルのほうが適しています。解析ガイド では、全体のワークフローが示されています。各ステップをクリックすると、それに関連するチュートリアルが表示されますので、これを見ながら進められる人は進め...

Windows 10 の新機能で「ランダムなハードウェアアドレス」を使うことができるようになっています。しかしこの機能を使うと、Subio Platformでプラグインをアクティベートしても利用できなくなる可能性があります。プラグインを使っているお客様は、この機能を有効にしないようご注意ください。 参考資料 https://www.ietf.org/proceedings/93/slides...

integrate multi-omics data sets Download このデモでは、擬似的なトランスクリプトミクス、プロテオミクス、メタボロミクスのデータセットを統合し、Subio Platform の Pathway View にまとめて表示する方法をご紹介します。 やり方は二通りあります。 元のIDを保持したまま、Platformを統合する 元のIDは使わず、Gene ID...

ゲノム上で、指定した塩基配列の個所を検索する。 Download Find Regions from Seq ツールは、特定の塩基配列を検索して、その位置を Region List として保存するものです。このムービーでは、FOXO1の制御配列を遺伝子の上流域に対して検索し、FOXO1によって制御されている可能性のある遺伝子を抽出します。 このツールの使い方がよくわからないときは、無料オン...

Genomeのデータから、measurementにアノテーションをつける。 Download タイリングアレイ、ChIP-chip、CGH アレイ、メチレーションアレイ、ChIP-Seq、Methyl-Seqなどのデータを解析するとき、ただの位置情報だけあって遺伝子のアノテーションがないことがよくあります。 そのようなときは、Annotate Measurements ツールを使って近傍の...

異なる種類のオミクスデータを統合して、散布図を描く。 Download 異なるタイプのオミクスデータでも Region List に変換しておけば、Scatter Plot of Regions ツールを使って直接比較することができます。 たとえば、遺伝子発現パターンと、その上流域のメチル化サイトのパターンや、染色体のコピー数とその領域にある遺伝子の発現パターンの関係を全体的に把握すること...

染色体に沿って、値が高い・低い領域を視覚化する。 Download Summarize ツールを使うと、近接するタグやプローブをまとめて平均値などにして、全体的なトレンドを視覚化できます。たとえば、遺伝子発現やDNAメチル化の度合いが高く（または低く）なっている染色体領域を把握するのにとても便利です。 まとめる単位は、遺伝子の転写領域や、コーディング領域、上流域、下流域、あるいは決まったサ...

遺伝子と近傍の因子で、互いのパターンが相関するペアを探す。 Download Fnd Correlated Regions ツールは、たとえば ChIP-Seq（またはChIP-chip）と遺伝子発現のデータが対でそろっているときや、DNAメチル化データと遺伝子発現データが対でそろっているときなどに、発現パターンを制御している可能性の高い制御因子を抽出することができます。具体的には、遺伝子...

ゲノム上の複数の領域を指定して、そのゲノム配列をFASTAにする。 Download 特定の発現パターンを示す遺伝子リストを抽出した後、それら遺伝子群の上流域の塩基配列がほしい場合があります。Get Sequence ツールは、そのような遺伝子群を指定して相対的な位置の塩基配列を取得するものです。 このツールの使い方がよくわからないときは、無料オンラインサポートをお申し込みください。

がんステージ・年齢・用量などと、相関する遺伝子を抽出する。 Download Genes Tied in Parameter ツールは、たとえば年齢、処理後の経過時間、生存期間などの数値パラメータと、発現パターンが相関あるいは逆相関の関係になっている遺伝子を抽出します。 このツールの使い方がよくわからないときは、無料オンラインサポートをお申し込みください。

ゲノム上の相対的な位置関係から、遺伝子やプローブなどを抽出する。 Download Geomic Location Filter ツールは、ゲノム上の相対的な位置に基づいて、ゲノム上のエレメント（遺伝子、プローブ、結合部位、メチル化サイトなど）を抽出するのに使います。このチュートリアルムービーでは、PHF8の結合部位を遺伝子の上流 2000 bp の範囲から抽出したり、逆にPHF8の結合部...

パスウェイを取り込み、図中の遺伝子の発現パターンを重ねて表示する。 Download Pathway Edit Tool は、任意の画像上にデータをヒートマップまたは棒グラフで重ねて表示する Pathway オブジェクトを作成・編集するものです。このツールは汎用的に作られているのでどのパスウェイにも対応できるのですが、まずは "KEGG Pathway Converter" ツールを別途提...

miRNAとターゲット遺伝子で、発現パターンが逆向きのペアを検索する。 Download Find miRNA Targets ツールは、遺伝子とmiRNAの実験データが対でそろっている場合に使えます。ここでは、実験的に検証されたmiRNAとターゲット遺伝子のペアや、計算によって予測されたmiRNAとターゲット遺伝子のペアのうち、発現パターンが逆相関になっているものを抽出します。すべてのペ...

RNA-Seq のデータを遺伝子単位で数値化したFPKMでしかみていない方が多いと思いますが、そのひとつ前のマッピングが終わったBAMファイルの段階でデータを視覚化すると、もっと多くの情報を引き出せるかも知れません。遺伝子単位でまるめこんだ発現量のデータなら、感度・精度ともにアジレントのマイクロアレイに敵わないかもしれません、しかし、RNA-Seqの醍醐味がマイクロアレイでは見えないものをみ...

シリアルナンバーを使ってプラグインをアクティベートするには、Subio Platformがインターネット経由でライセンスサーバーにアクセスする必要があります。しかし、お客様のネットワーク環境によってはSubio Platformがサーバーにアクセスできず、その結果、アクティベーションに失敗することがあります。 このようなときは、エラーが発生した時に現れるダイアログに従って、error log...

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