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これからご紹介する方法は、Illuminaのどのメチル化アレイにも適用できるのはもちろん、シーケンサーなど別のテクノロジーを使って測定したデータにも幅広く応用できます。ポイントとなるのは、膨大なメチル化サイトを二つのカテゴリー、つまりプロモーター領域とそれ以外に分けることです。プロモーター領域と CpGアイランドは重複していることが多いですが、完全に一致するものではありません。ヒトの遺伝子の...

このチュートリアルは、ウェットの生物学・医学・農学系研究者がマイクロアレイのデータ解析を学習することを想定し、データの取得から生物学的解釈まで一通りの流れを解説したものです。マイクロアレイのデータ解析についてよく知らない人ほど、正しい解析方法というものがあって、正しく解析された結果を取得したいと考える傾向があります。GSE97918は、データ解析がそのようなものではないということを学べる良い...

このチュートリアルは、生物学・医学・農学系研究者がRNA-Seqのデータ解析を学習することを想定し、発現量データ（数値のテキストファイル）のインポートから生物学的解釈まで一通りの流れを解説したものです。FASTQファイルから始める場合、FASTQから発現量を算出までのパイプラインを別のチュートリアルにまとめてありますのでそちらをご覧ください。 ここではSubio Platform という解析...

TSS Plot Download TSS Plot ツールは、何らかの値とTSSからの相対距離の関係を視覚化するものです。 よくあるのは、転写調節因子の結合や、DNAまたはヒストンの就職などのイベントの数をヒストグラムで表した図です。Subio PaltformのTSS Plotでは、さらに、メチル化比率や、メチル化状態の上昇または減退といった変化、遺伝子発現パターンとメチル化状態の変化...

選択した遺伝子の発現パターンを、Seriesを跨いで俯瞰する。 Download 大量のSeriesが、複数のPlatformやOrganismにまたがって存在する場合、一つ一つのSeriesを開いて見ていくのは非常に困難になります。 Scan genes over series ツールは、そのような時に鳥観図のような視座を提供してくれます。一つまたは二つの遺伝子名を入力するだけで、その遺...

TCGA の miRNA-Seq データを解析する。（AMLの例） Download Subio Platformを使うと、TCGAのmiRNA-Seqのデータを簡単にインポートして、解析することができます。AMLのデータの解析例をご覧ください。

メモリーがひっ迫しているときは、Viewerやタブを切ることでしのげることがあります。これは、非常に大きなSeriesを解析しているときにも有効です。 Turning Views and Tabs On/Off Download 100万プローブとか、数千サンプルとかあるような巨大なデータセットを扱うと、Subio Platformは非常に遅くなります。 このようなとき、Viewやタブの表示...

Genome View の使い方 Download Genome View は、ChIP-SeqやMethyl-Seq、タイリングアレイ、CGH アレイなどのゲノムの位置と深くかかわるデータの解析に必須のゲノムブラウザーです。遺伝子発現データを見ているときも、この視覚化ツールを使って発現が上昇あるいは減少している遺伝子群が、染色体の特定の領域に固まって存在しているかどうかを確認することで、...

Tree View の使い方 Download Tree View は、階層型クラスタリングの結果を、ヒートマップとツリー構造で表示するものです。PDF などの画像となっているヒートマップは動きませんが、このツリーでは興味のある発現パターンの遺伝子群を取り出したり、発現プロファイルの似ているサンプル群にマークを付けるなど、インタラクティブに動きます。 操作がよくわからないときは、無料オンラ...

異なる種類のオミクスデータを統合して、散布図を描く。 Download 異なるタイプのオミクスデータでも Region List に変換しておけば、Scatter Plot of Regions ツールを使って直接比較することができます。 たとえば、遺伝子発現パターンと、その上流域のメチル化サイトのパターンや、染色体のコピー数とその領域にある遺伝子の発現パターンの関係を全体的に把握すること...

簡単かつ詳細なマイクロアレイデータ解析の例 Download 多くの人が統計学などの特別なツールがないとデータ解析はできないと思っているようですが、オミクスデータ解析の本質にとってツールはそれほど重要ではありません。逆に言うと、そのツールさえ使っていれば解析については安心だということもないのです。大事なのは、データがどのようなものか、そしてどのように処理しているかを正しく理解していることで...

Pathway View の使い方 Download Pathway View は、パスウェイ図の上に発現パターンをヒートマップや棒グラフで重ねて表示するものです。パスウェイ上でドラッグすると、その範囲に表示されている遺伝子を選択することができます。生物学的にデータを解釈するのにとても役に立つ視覚化ツールです。 操作がよくわからないときは、無料オンラインサポートをお申し込みください。

Scatter Plot (Samples) の使い方 Download Scatter Plot (Samples) View は主成分分析（ＰＣＡ）の結果を見るためのものです。または、独自にプロファイリングした結果に基づいてサンプルの近似度を表示することも可能です。散布図上の点は、Series Panel で 選択している DataSet に含まれる Sample Group に相当し...

ベン図ツールの使い方 Download Venn Diagram は、複数の Measurement List をベン図上で組合せて、それらの間で和集合、関集合、差集合などを抽出することができます。Series Panelから輪の中にドラッグ＆ドロップしてセットします。輪は３つしかありませんが、もし３つ以上のMeasurement Listをかけ合わせたい場合は、# Overlapping...

Scatter Plot (Measurement) の使い方 Download Scatter Plot (Measurements) View では、任意の Sample Group を二つ、縦軸と横軸にセットしてそのSample Group間でシグナル値がどれくらい似ているか（または違っているか）を視覚化します。または、一つのSample Groupを縦軸と横軸の両方にセットして、シ...

Line Graph の使い方 Download Line Graph View は、Sample Group 間の発現量の変化を視覚化するのに適しています。グラフの上をドラッグすると、囲まれた範囲にある遺伝子が選択状態になり、選択された遺伝子は下段の Annotations タブでも強調表示されます。選択した遺伝子は、カメラのアイコンの隣にある "Save as Measurement ...

まず、Genome View と Chromosomes タブを有効にするには、Genome データを作成し、ロードする必要があります。 Genome をロードしているにもかかわらず、これらが表示されないときは、Platform の chrom, chromStart, chromEnd（、そしてstrand）の列に情報が入っているかどうかをご確認ください。特に、chrom 列の値は、Gen...

Subio Platform は、解析のために長時間画面を見つづけることを考えて、強い色をあえて避けて、長時間見ても疲れない柔らかい色調を採用しています。このため、プレゼンテーションなどのためにはインパクトがない色と思われるかもしれません。 表示色を変更したい場合は、メイングラフの右側のグラデーションのところ（Color Bar)をダブルクリックして、Color Settings 画面を開き...