Import MSigDB Gene Sets / Find Measurement Lists or Pathways Download Molecular Signatures Database (MSigDB) は、GSEAソフトウェアで使用するアノテーションされた遺伝子セットのコレクションで、大きく８つに分類されます。 Hall mark gene sets, よく知られた生物学的...
複数のPlatformを跨るマルチオミクスデータの統合解析の準備をする。 Download このツールは、複数のオミックスデータセットを統合するために、さまざまなプラットフォームで共通のサンプルを見つけて印を付けます。このツールはFind miRNA Targets や Find Correlated Regions を使って解析を行うための準備を簡単に行えるようにするユーティリティです。...
Importing a gene list, or a set of lists. Download テキストファイルから、一つまたは複数の遺伝子リストをSubio Platformにインポートして、これらの遺伝子群の発現パターンを概観することができます。また、遺伝子リストをインポートすると、これらをエンリッチメント解析に利用できるようになります。 遺伝子のＩＤは、Platformに登録さ...
検索の基本テクニック Download Subio Platform は高度な検索機能を提供しています。このチュートリアルでは検索機能を使いこなすためのノウハウを紹介します。これらのテクニックは他の検索パネルでも使えます。 正規表現 の詳しい文法は、グーグル検索してみてください。
Seriesをコピーしたり、変更したりする Download 大量のSampleやSeriesがある場合に、これらのユーティリティツールは非常に便利です。 Make A Copy of This Series は単純なツールです。しかし、Serieに変更を加える前にコピーしておくのは、安全に作業を進めるために必要です。 Add/Remove Samples は、Seriesから質の悪いSa...
選択した遺伝子の発現パターンを、Seriesを跨いで俯瞰する。 Download 大量のSeriesが、複数のPlatformやOrganismにまたがって存在する場合、一つ一つのSeriesを開いて見ていくのは非常に困難になります。 Scan genes over series ツールは、そのような時に鳥観図のような視座を提供してくれます。一つまたは二つの遺伝子名を入力するだけで、その遺...
階層型クラスタリングのヒートマップを出力して、エクセルで見る。 Download Tree Viewで表示されているヒートマップをエクスポートして、エクセル上で表示することができます。 操作がよくわからない場合は、無料オンラインサポートをお申し込みください。
integrate multi-omics data sets Download このデモでは、擬似的なトランスクリプトミクス、プロテオミクス、メタボロミクスのデータセットを統合し、Subio Platform の Pathway View にまとめて表示する方法をご紹介します。 やり方は二通りあります。 元のIDを保持したまま、Platformを統合する 元のIDは使わず、Gene ID...
重複するプラットフォームを統合する Download Subio Platform に SSA ファイルを何度もインポートしていると、そのたびに Platform が新しく作られるので、Platform リストがどんどん膨らんでしまいます。そこで、Merge Platform を使うと、同じ Platform をまとめて一つにすることができるので、Platform List を整理すること...
MeasurementをRegionに変換する。Regionにフィルターをかける。 Download Seriesは一度にひとつずつしかロードできませんので、あるSeriesで使っていた Measurement List や DataSet は、別の Series をロードすると利用できなくなります。そこで、これらのデータを Region List に変換しておくと、Seriesをまたがっ...
Web Link は、あなたが検索したいデータベースのリンクを自由に設定することができますが、Platformを作るたびに一から設定しなおすは面倒です。そこで、既にリンクを定義済みのPlatformからまとめて移す方法をご紹介します。 Annotations タブを開き、アノテーションテーブルの上で右クリックしたら、Edit Web Search を選択します。 Export ボタンを押し...
ある Series から別の Series へ Measurement List を移行するには、次の二つの方法があります。外部から遺伝子のIDやGene Symbolのリストをインポートしたい場合は、２つめのケースの手順に従ってください。 CASE1: 同じ Platform 上の Series 間で移す場合 Subio Platform画面の左側にある、Series パネルの上部にある ...
Pathwaｙ のデータをある Series から別の Series へコピーしたいときは、それらが同じ Platform 上にある場合は可能ですが、別の Platform 上にある場合はデータのインポートをやり直す必要があります。 Subio Platform 画面の左側の Series パネルの上部にある Import ボタンを押す Pathway タブを開いて、Source オプショ...
パスウェイを取り込み、図中の遺伝子の発現パターンを重ねて表示する。 Download Pathway Edit Tool は、任意の画像上にデータをヒートマップまたは棒グラフで重ねて表示する Pathway オブジェクトを作成・編集するものです。このツールは汎用的に作られているのでどのパスウェイにも対応できるのですが、まずは "KEGG Pathway Converter" ツールを別途提...
R/Bioconductorと連携して、高度な統計解析を実行する。 Download Subio Platformは、どなたでも無料で使うことができますが、プラグインの解析ツールを使うにはライセンスを購入していただく必要があります。もし R や Bioconductor などの統計ツールを使えるようでしたら、Subio Platform とこれらの外部ツールを連携して使うことも可能です。プ...
Datasheet タブのテーブルの上に、ボタンが２つあります。 Save a Text File ボタン ProcessedSignalやCh1RawSignalの数値テーブルをタブ区切りテキスト形式で出力します。 Copy Table ボタン 数値テーブルをクリップボードにコピーするので、エクセルやその他のソフトウェアに貼り付けることができます。 右端の緑色の Select Column...
すべてのデータをバックアップするには、Subio Platform のインストールディレクトリをまるごとコピーして、他のディスクまたは記憶メディアに保存してください。 また、SSA ファイルを出力しておけば、Series 単位でのバックアップが可能ですし、SOA ファイルであれば Organism 単位でのバックアップが可能です。
Windowsをお使いでしたら、 インストールディレクトリをまるごとコピーする だけで移すことができます。インストールディレクトリは、"subioplatform64"という名前のフォルダーです。 Macをお使いでしたら、新しいコンピューターにSubio Platformをインストールした後、古いSubio Platformのインストールディレクトリから次のファイルをコピーして、新しいコンピ...
Subio Platform は、基本的にタブ区切りテキスト形式で、データを入出力します。この形式は非常に汎用できて、ほとんどのソフトウェアが対応できるものです。もしあなた自身が開発した解析アルゴリズムをSubio Platformのプラグインとして利用できるようにしたいという場合は、お気軽にご連絡ください。 contact us. What you can do on Subio Plat...
SSA ファイルは、無料の Subio Platform にインポートすることで、その中に入っているデータを見ることができます。このデータを見るのにプラグインは必要ありませんが、あなた自身でそのデータに対して追加解析を行いたい場合はプラグインの購入をご検討ください。 Subio Platform のダウンロード SSAファイルで、オミクスデータの深く共有する。 Download オミクスデー...