マイクロアレイデータ解析の「実践的」チュートリアル
このチュートリアルは、ウェットの生物学・医学・農学系研究者がマイクロアレイのデータ解析を学習することを想定し、データの取得から生物学的解釈まで一通りの流れを解説したものです。マイクロアレイのデータ解析についてよく知らない人ほど、正しい解析方法というものがあって、正しく解析された結果を取得したいと考える傾向があります。GSE97918は、データ解析がそのようなものではないということを学べる良い...
- Creating/Editing A Genome×
Ensembl 遺伝子のPlatformを作る
Creating a platform of Ensembl genes. Download Subio Platform v1.24からは、Ensembl Genes GRCh38.p13バージョンのPlatformがインストーラーにバンドルされています。それ以前のバージョンからお使いのユーザーは、このムービーを見ながらご自身でPlatformを作成してください。 このチュートリアルは、...
Genome データを作成する
Genome データは、Genome View や Chromosome タブでデータを視覚化するのに必要です。このムービーで、どのように UCSC ゲノムブラウザーのデータを使ってGenomeを作成するかご覧ください。 Genome を作成する。 Download Genomeは、Subio Platform上で仮想染色体を表示したり、選択したmeasurementの位置を仮想染色体上に表...
Platform の遺伝子アノテーションを更新する
遺伝子アノテーションは継続的に更新されていきますので、Platformは作成した後も定期的に更新してメンテナンスする必要があります。通常マイクロアレイのメーカーは定期的にアノテーションファイルを更新して、ウェブサイトから公開しています。そのような更新の案内をEメールで受け取ったら、Platformの更新を行ってください。 最新のアノテーションファイルをダウンロードする。ダウンロードしたファ...
Rice のマイクロアレイデータ解析の準備
Subio Platform 上の Genome データは、GFF ファイルから生成することができます。そして、Rice 遺伝子の GFF ファイルは下記のリンクからダウンロードすることあできます。 https://rapdb.dna.affrc.go.jp/download/irgsp1.html しかし、下のリンクからSOAファイルをダウンロードすると、その中にこの Rice ゲノムと一...
シロイロナズナの Genome を作成する (TAIR10、TAIR9)
TAIR のウェブサイトからは、Arabidopsis の遺伝子の位置情報が GFF3 フォーマットで提供されています。TAIR10_GFF3_genes.gff をダウンロードしてください。 Subio Platform では、これらのファイルを使って Genome を作成することができますが、GFF データからの変換には時間がかかります。 そこで、このデータからexons、miRNAs、...
Subio Platform の Genome View に何も表示されません。どうしてですか？
まず、Genome View と Chromosomes タブを有効にするには、Genome データを作成し、ロードする必要があります。 Genome をロードしているにもかかわらず、これらが表示されないときは、Platform の chrom, chromStart, chromEnd（、そしてstrand）の列に情報が入っているかどうかをご確認ください。特に、chrom 列の値は、Gen...