メチル化データ解析チュートリアル
これからご紹介する方法は、Illuminaのどのメチル化アレイにも適用できるのはもちろん、シーケンサーなど別のテクノロジーを使って測定したデータにも幅広く応用できます。ポイントとなるのは、膨大なメチル化サイトを二つのカテゴリー、つまりプロモーター領域とそれ以外に分けることです。プロモーター領域と CpGアイランドは重複していることが多いですが、完全に一致するものではありません。ヒトの遺伝子の...
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HISAT2インデックスがウェブから提供されていないとき、インデックスを自分で作る方法
もしHISAT2のインデックスファイルがウェブサイトから提供されていなければ、その生物種のインデックスはご自身で作る必要があります。この解説は、Linux や Unix のコマンド操作に慣れていない方を想定しています。 Windowsユーザーだけが必要な準備 WindowsでLinuxシステム用に作られたバイオインフォマティクスツールを使用するために、WSLを導入したと思います。この場合、イ...
変異データ解析チュートリアル（RNA-Seq の FASTQ ファイルから）
特にWindowsをお使いの方にとっては、RNA-SeqのFASTQファイルから GATKを使って変異を検出するもっとも簡単な方法だと思います。そして、たとえば Normal vs. Disease のような実験において、Disease で多く見られる変異、あるいはDiseaseで変異の多い遺伝子をもっとも簡単に抽出することができるツールでしょう。 RNA-SeqのFASTQファイルから、ゲ...
マイクロアレイデータ解析の「実践的」チュートリアル
このチュートリアルは、ウェットの生物学・医学・農学系研究者がマイクロアレイのデータ解析を学習することを想定し、データの取得から生物学的解釈まで一通りの流れを解説したものです。マイクロアレイのデータ解析についてよく知らない人ほど、正しい解析方法というものがあって、正しく解析された結果を取得したいと考える傾向があります。GSE97918は、データ解析がそのようなものではないということを学べる良い...
.fastq.gz ファイルを Gene Expression Omnibus (GEO) から入手する方法
GSEからFASTQファイルをダウンロードする場合、サンプルごとに一つ一つダウンロードしなくてはいけないので、かなり面倒ですが、複数の画面を使って同時に実行するとよいでしょう。 手順 1. GEOのウェブサイトで GSM record のページを開く。2. ページの下までスクロールすると、対応するSRXへリンクがあるので、これをクリックする。3. シーケンスリードに関する情報、特にそれが S...
Annotate VCF ツールの使い方
Annotate VCF Download SnpEffは 変異に対してアノテーションとそれがもたらす効果を予測するツールです。 Annotate VCF ツールは、このプログラムを Subio Platform から簡単に実行できるようにするものです。
FASTQ to VCF (RNA-Seq) の実行環境を設定する方法（Windows バージョン）
この記事は、FASTQ to VCF ツールを使うための準備のためのものです。 これを始める前に これを始める前に、必ずRNA-Seq FASTQファイル処理パイプラインの設定のやり方（Windows 版）を完了してください。fastp と HISAT2 は同じなので、ここでは説明を省きます。ここでは、追加の GATK4 のインストールについて説明します。 環境設定パネル 設定のやり方...
FASTQ to VCF (RNA-Seq) の実行環境を設定する方法（macOS バージョン）
この記事は、FASTQ to VCF ツールを使うための準備を行うためのものです。 GATK4のインストール これを始める前に、RNA-Seq FASTQファイル処理パイプラインの設定のやり方（macOS 版）を完了してください。ここで説明されている fastp と HISAT2 の設定は同じなので、ここでは省略します。これらに加え、bioconda経由で GATK4 をインストールします。...
Ensembl 遺伝子のPlatformを作る
Creating a platform of Ensembl genes. Download Subio Platform v1.24からは、Ensembl Genes GRCh38.p13バージョンのPlatformがインストーラーにバンドルされています。それ以前のバージョンからお使いのユーザーは、このムービーを見ながらご自身でPlatformを作成してください。 このチュートリアルは、...
RNA-Seq データ解析の「実践的」チュートリアル
このチュートリアルは、生物学・医学・農学系研究者がRNA-Seqのデータ解析を学習することを想定し、発現量データ（数値のテキストファイル）のインポートから生物学的解釈まで一通りの流れを解説したものです。FASTQファイルから始める場合、FASTQから発現量を算出までのパイプラインを別のチュートリアルにまとめてありますのでそちらをご覧ください。 ここではSubio Platform という解析...
GDCのRNA-SeqまたはDNAメチル化データ用のPlatformを作成する
Subio Platform v1.20.5009 以降のバージョンには、GDC (TCGAとTARGETのデータ) mRNA-Seqデータ用のプラットフォームが同梱されております。それ以前のバージョンをお使いの方は、テキストファイルをダウンロード してPlatformを作成してください。New Platformウィザードでインポートするだけです。 また、Subio Platform v1....
Genome データを作成する
Genome データは、Genome View や Chromosome タブでデータを視覚化するのに必要です。このムービーで、どのように UCSC ゲノムブラウザーのデータを使ってGenomeを作成するかご覧ください。 Genome を作成する。 Download Genomeは、Subio Platform上で仮想染色体を表示したり、選択したmeasurementの位置を仮想染色体上に表...
Agilent マイクロアレイの Platform を作成する
Create A Platform of An Agilent Microarray Download 遺伝子発現マイクロアレイをお使いの場合は、こちらのパートをご覧ください 0:00 eArray のサイトからアノテーションファイルをダウンロードする 1:00 アノテーションファイルをインポートして、Platform を作成する 1:20 gene symbol 列をセットする 1:30...
Affymetrix GeneChip の Platform を CSV ファイルから作成する
Create A Platform of An Affymetrix Gene Chip Download 0:00 Affymetrix のウェブサイトから、CSV 形式の annotation ファイルをダウンロードする 0:30 拡張子を .csv から .txt に変更する 0:45 エクセルで開いてタブ区切りテキスト形式のファイルに変換する、ただしこのやり方でないと、一部の G...
Gene Expression Ombinus (GEO) から取得したマイクロアレイデータをSubio Platformで再解析する
はい、GEO の Series レコードから、 SOFT format family ファイルをダウンロードして、Subio Platformにインポートしてください。同じGSEのSOFTファイルから、Platformの作成も、実験データのインポートもできます。 ただし、次世代シーケンサーのデータはSOFTファイルの中に入っていません。このようなGSEを再解析したい場合は、もしSupplem...
Annotate Measurements の使い方
Genomeのデータから、measurementにアノテーションをつける。 Download タイリングアレイ、ChIP-chip、CGH アレイ、メチレーションアレイ、ChIP-Seq、Methyl-Seqなどのデータを解析するとき、ただの位置情報だけあって遺伝子のアノテーションがないことがよくあります。 そのようなときは、Annotate Measurements ツールを使って近傍の...
ウェブリンクを、全部まとめて別のPlatformにコピーできますか？
Web Link は、あなたが検索したいデータベースのリンクを自由に設定することができますが、Platformを作るたびに一から設定しなおすは面倒です。そこで、既にリンクを定義済みのPlatformからまとめて移す方法をご紹介します。 Annotations タブを開き、アノテーションテーブルの上で右クリックしたら、Edit Web Search を選択します。 Export ボタンを押し...
Platform の遺伝子アノテーションを更新する
遺伝子アノテーションは継続的に更新されていきますので、Platformは作成した後も定期的に更新してメンテナンスする必要があります。通常マイクロアレイのメーカーは定期的にアノテーションファイルを更新して、ウェブサイトから公開しています。そのような更新の案内をEメールで受け取ったら、Platformの更新を行ってください。 最新のアノテーションファイルをダウンロードする。ダウンロードしたファ...
ウェブリンクを定義する
web linkの定義のしかた Download Subio Platform を使って特定の発現パターンを示す遺伝子を取り出すことは簡単です。こうして取り出した遺伝子について、生物学的な情報をウェブデータベースで検索するのを簡単にするするのが、ウェブリンクの設定です。Subio Platform では、非常にユーザーが自由にウェブリンクを設定することができるようになっていますので、あなた...
エクセルのデータを Subio Platform にインポートする
もしエクセルで発現データをお持ちでしたら、下のチュートリアルムービーのようにSubio Platformでそのデータを視覚化・解析することができます。 エクセルのデータは、基本的に３つの部分からなっています。 遺伝子アノテーション 発現シグナル サンプル情報 このムービーでは、これらのパートを別々に分けて、それぞれ、（１）Platformの作成、（２）Sampleのインポート、（３）Samp...
Rice のマイクロアレイデータ解析の準備
Subio Platform 上の Genome データは、GFF ファイルから生成することができます。そして、Rice 遺伝子の GFF ファイルは下記のリンクからダウンロードすることあできます。 https://rapdb.dna.affrc.go.jp/download/irgsp1.html しかし、下のリンクからSOAファイルをダウンロードすると、その中にこの Rice ゲノムと一...
シロイロナズナの Genome を作成する (TAIR10、TAIR9)
TAIR のウェブサイトからは、Arabidopsis の遺伝子の位置情報が GFF3 フォーマットで提供されています。TAIR10_GFF3_genes.gff をダウンロードしてください。 Subio Platform では、これらのファイルを使って Genome を作成することができますが、GFF データからの変換には時間がかかります。 そこで、このデータからexons、miRNAs、...
Subio Platform の Genome View に何も表示されません。どうしてですか？
まず、Genome View と Chromosomes タブを有効にするには、Genome データを作成し、ロードする必要があります。 Genome をロードしているにもかかわらず、これらが表示されないときは、Platform の chrom, chromStart, chromEnd（、そしてstrand）の列に情報が入っているかどうかをご確認ください。特に、chrom 列の値は、Gen...