変異データ解析チュートリアル（RNA-Seq の FASTQ ファイルから）
特にWindowsをお使いの方にとっては、RNA-SeqのFASTQファイルから GATKを使って変異を検出するもっとも簡単な方法だと思います。そして、たとえば Normal vs. Disease のような実験において、Disease で多く見られる変異、あるいはDiseaseで変異の多い遺伝子をもっとも簡単に抽出することができるツールでしょう。 RNA-SeqのFASTQファイルから、ゲ...
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.fastq.gz ファイルを Gene Expression Omnibus (GEO) から入手する方法
GSEからFASTQファイルをダウンロードする場合、サンプルごとに一つ一つダウンロードしなくてはいけないので、かなり面倒ですが、複数の画面を使って同時に実行するとよいでしょう。 手順 1. GEOのウェブサイトで GSM record のページを開く。2. ページの下までスクロールすると、対応するSRXへリンクがあるので、これをクリックする。3. シーケンスリードに関する情報、特にそれが S...
Aggregate Variants per Exon ツール、および Filter by Exon ツールの使い方
ターゲット遺伝子のエクソンごとに変異を集計する。特定のエクソン上の変異を抽出する。 Download このツールは、Aggregate Variants や Aggregate Variants per Gene ツールで解析した後に使用してください。対象遺伝子の候補をリストアップした後、候補ごとにエクソンごとに要約することができます。 また、エクソンによるフィルタツールは、指定された転写...
Aggregate Variants per Gene ツールの使い方
遺伝子ごとに変異をケースとコントロールで比較し、フィルタリングする。 Download このツールは、注釈付きのVCFファイルを受け付けます。したがって、まず Annotate VCF ツールを実行してください。 インプットのVCFファイル群は、ケースグループとコントロールグループの2つのグループに分かれているかもしれません。このツールは、突然変異の種類と、コントロールグループとケースグル...
Aggregate Variant ツールの使い方
変異をケースとコントロールで比較し、フィルタリングする。 Download このツールは、注釈付きのVCFファイルを受け付けます。したがって、まず Annotate VCF ツールを実行してください。 インプットのVCFファイル群は、ケースグループとコントロールグループの2つのグループに分かれているかもしれません。このツールは、突然変異の種類と、コントロールグループとケースグループにおける...
Annotate VCF ツールの使い方
Annotate VCF Download SnpEffは 変異に対してアノテーションとそれがもたらす効果を予測するツールです。 Annotate VCF ツールは、このプログラムを Subio Platform から簡単に実行できるようにするものです。
FASTQ to VCF (RNA-Seq) ツールの使い方
FASTQ to VCF (RNA-Seq) Download このパイプラインは、GATKのRNAseq short variant discovery (SNPs + Indels)を参考にして作っています。ただし、メモリーの消費量を抑えるため、アラインメントにはSTARではなくHISAT2を使っています。実行する前に、環境のセットアップを行ってください。
FASTQ to VCF (RNA-Seq) の実行環境を設定する方法（Windows バージョン）
この記事は、FASTQ to VCF ツールを使うための準備のためのものです。 これを始める前に これを始める前に、必ずRNA-Seq FASTQファイル処理パイプラインの設定のやり方（Windows 版）を完了してください。fastp と HISAT2 は同じなので、ここでは説明を省きます。ここでは、追加の GATK4 のインストールについて説明します。 環境設定パネル 設定のやり方...
FASTQ to VCF (RNA-Seq) の実行環境を設定する方法（macOS バージョン）
この記事は、FASTQ to VCF ツールを使うための準備を行うためのものです。 GATK4のインストール これを始める前に、RNA-Seq FASTQファイル処理パイプラインの設定のやり方（macOS 版）を完了してください。ここで説明されている fastp と HISAT2 の設定は同じなので、ここでは省略します。これらに加え、bioconda経由で GATK4 をインストールします。...
Agilent マイクロアレイのデータをインポートする（1色法 & 2色法）
アジレントのマイクロアレイデータをインポートする。 Download 00:00 - 01:40１色法のデータをインポートする 01:40 - 02:45２色法のデータをインポートする 02:45 - ２色法のデータをインポートする（dye swap デザインの場合）
Agilent マイクロアレイの Platform を作成する
Create A Platform of An Agilent Microarray Download 遺伝子発現マイクロアレイをお使いの場合は、こちらのパートをご覧ください 0:00 eArray のサイトからアノテーションファイルをダウンロードする 1:00 アノテーションファイルをインポートして、Platform を作成する 1:20 gene symbol 列をセットする 1:30...