Subio Platformの起動がとても遅いときの対処法
Subio Platformは、起動時に最新版がリリースされていないかどうか確認するために、ネットワークにアクセスしようとします。proxyの設定が必要なネットワークの場合、起動に数分かかることがあります。 このようなときは、OSのネットワーク設定でproxyの設定をしてください。 Windowsのプロキシ設定 macOSのプロキシ設定
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HISAT2インデックスがウェブから提供されていないとき、インデックスを自分で作る方法
もしHISAT2のインデックスファイルがウェブサイトから提供されていなければ、その生物種のインデックスはご自身で作る必要があります。この解説は、Linux や Unix のコマンド操作に慣れていない方を想定しています。 Windowsユーザーだけが必要な準備 WindowsでLinuxシステム用に作られたバイオインフォマティクスツールを使用するために、WSLを導入したと思います。この場合、イ...
FASTQファイルの処理中に起こるエラーの回避方法
fastpは、通常使われるアダプター配列に対応しておりますが、特殊なキットを使っている場合にアダプター配列を認識できないことがあります。その場合は、fastpのオプション設定欄で --adapter_sequence=AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA のようアダプター配列を教えてあげてください。 また、アダプターを取り除いた後のリード配列も、ターゲット以外の...
Paired-end のRNA-SeqデータのFASTQファイルの名前の付け方
Subio Platform が正しくペア―ドエンドサンプルを見つけられないときは、FASTQファイルの名前を下のように付け直して下さい。 XXX_1.fastq.gzXXX_2.fastq.gzYYY_1.fastq.gzYYY_2.fastq.gzZZZ_1.fastq.gzZZZ_2.fastq.gz XXX, YYY, ZZZ はサンプル名、_1 と _2 はペアを表します。
KEGG Pathway Converter ツールがうまく動作しないときの回避方法
KEGG Pathway Converterツールは、下記の理由でファイルの保存ができないことがあります。 URLが間違っている。正しいアドレスを入力してください。 一次的にネットワークまたはサーバーがダウンしている。しばらく時間をおいてお試しください。 ネットワークポリシーで通信を遮断されている。 原因が３かどうかを確認するには、別のネットワーク（自宅や携帯電話のテザリングなど）から実行し...
Seriesが破損した時に、回復する方法
データはいつ壊れるかわかりませんので、データのバックアップを定期的にとるようお勧めしています。バックアップをとるにはどうするかをこちらでご覧ください。 もし、ＳＳＡファイルを作成してあれば、それを使って簡単に復元することができます。しかし、SSAファイルがない場合は次の二つの選択肢しかありません。 1. 壊れたSeriesを削除して、そのSeriesの作成と解析をやり直す。 2. 私たちにデ...
GDCのRNA-SeqまたはDNAメチル化データ用のPlatformを作成する
Subio Platform v1.20.5009 以降のバージョンには、GDC (TCGAとTARGETのデータ) mRNA-Seqデータ用のプラットフォームが同梱されております。それ以前のバージョンをお使いの方は、テキストファイルをダウンロード してPlatformを作成してください。New Platformウィザードでインポートするだけです。 また、Subio Platform v1....
Subio Platform を起動できません。どうしたらいいでしょうか？
Case 1 – インストールの失敗 インストーラファイルが壊れている可能性があります。ダウンロードしようとしているファイルサイズと、実際にダウンロードしたファイルのサイズが同じかどうかをご確認ください。マニュアル の手順に従って、正しくインストールしていることをご確認ください。 Windows をお使いの方へ ダウンロードしたＺＩＰファイルを解凍してください。Subio.exe のアイコン...
現在ロードしているSeriesをアンロードするには?
画面左側のSeries Panelの、右上角にある "Unload Series" ボタンを押してください。 Seriesを削除したり、名前を変更したりする場合や、merge platformsを実行する前にはUnloadする必要があります。
Macでファイルチューザーを開くと、一つだけしか選択できません。100サンプルを一度にインポートしたいときなどはどうすればいいですか？
"Select Files"ボタンを押すと、ファイルチューザーが開きますが、Mac OSではここで一つのファイルしか選択することができません。しかし、その上の白い枠内には、複数のファイルを一度にドラッグ＆ドロップしてセットすることができます。これは、Mac OSのみで起こることが知られています。
アップデータを起動できません。
もし、セキュリティソフトが監視していて、それがアップデータの起動を阻止しているようでしたら、一時的にセキュリティソフトウェアを切ってからアップデータを実行してください。完了したら、セキュリティソフトウェアをもとに戻してください。 ノートンの場合
Macで、Subio ディレクトリーのアクセス権限を変更する手順
Finderを起動し、/Applications/Subioディレクトリーに移動。 FinderウィンドウのActionメニュー（歯車のアイコン）をクリックし、ドロップダウンメニューから「Get Info」をクリック。 表示されるInfoウィンドウの右下の「鍵ボタン」をクリック。 表示されるダイアログで管理者アカウントのUsernameとPasswordを入力。 Infoウィンドウ左下の「+...
Viewやタブの表示・非表示を切り替える
メモリーがひっ迫しているときは、Viewerやタブを切ることでしのげることがあります。これは、非常に大きなSeriesを解析しているときにも有効です。 Turning Views and Tabs On/Off Download 100万プローブとか、数千サンプルとかあるような巨大なデータセットを扱うと、Subio Platformは非常に遅くなります。 このようなとき、Viewやタブの表示...
プラグインを使う場合、Windows10 の「ランダムなハードウェアアドレス」を有効にしないでください。
Windows 10 の新機能で「ランダムなハードウェアアドレス」を使うことができるようになっています。しかしこの機能を使うと、Subio Platformでプラグインをアクティベートしても利用できなくなる可能性があります。プラグインを使っているお客様は、この機能を有効にしないようご注意ください。 参考資料 https://www.ietf.org/proceedings/93/slides...
Annotation Analysis Plug-in、Genomic Analysis Plug-inとは何ですか？
Annotation Analysis Plug-in と Genomic Analysis Plug-in は、2014年4月から Advanced Plug-in に統合されました。したがって、ドキュメントやムービーでそのような表記が出てきた場合は、現在では Advanced Plug-in のことだと思ってください。 一方、Genpac Plug-in は販売およびサポートを中止してお...
Subio Platform の Genome View に何も表示されません。どうしてですか？
まず、Genome View と Chromosomes タブを有効にするには、Genome データを作成し、ロードする必要があります。 Genome をロードしているにもかかわらず、これらが表示されないときは、Platform の chrom, chromStart, chromEnd（、そしてstrand）の列に情報が入っているかどうかをご確認ください。特に、chrom 列の値は、Gen...
Subio Platform の動作がとても遅いです。なにか解決策はありますか？
まずはTree Viewを表示したまま操作するとものすごく遅いです。Line Graphはサンプル数が多いと加速度的に遅くなります。従って、できるだけScatter Plot (Merasurements) Viewを表示した状態でさまざまな操作するようにすることで体感スピードが改善します。 大きなデータセットを扱うと、どうしても計算量とディスクアクセスが増えるので遅くなります。ハードウェア...
プラグインをアクティベートできません。どうすれば？
シリアルナンバーを使ってプラグインをアクティベートするには、Subio Platformがインターネット経由でライセンスサーバーにアクセスする必要があります。しかし、お客様のネットワーク環境によってはSubio Platformがサーバーにアクセスできず、その結果、アクティベーションに失敗することがあります。 このようなときは、エラーが発生した時に現れるダイアログに従って、error log...
プラグインを購入したのですが、Serial Number が届きません。
シリアルナンバーは、Shipping Optionで"CD"または"Card"を選択しない限り、Eメールで納品されます。もしそのようなEメールが届いていないようでしたら、一度迷惑メールフォルダーをご確認ください。それでも見つからないようでしたらご連絡ください。ご指定のEメールアドレスにシリアルナンバーの納品メールを再送いたします。 Contact Us
Subio Platform のデータをバックアップするにはどうすればいいですか？
すべてのデータをバックアップするには、Subio Platform のインストールディレクトリをまるごとコピーして、他のディスクまたは記憶メディアに保存してください。 また、SSA ファイルを出力しておけば、Series 単位でのバックアップが可能ですし、SOA ファイルであれば Organism 単位でのバックアップが可能です。
Subio Platform を、まるごと別のコンピューターに移すには？
Windowsをお使いでしたら、 インストールディレクトリをまるごとコピーする だけで移すことができます。インストールディレクトリは、"subioplatform64"という名前のフォルダーです。 Macをお使いでしたら、新しいコンピューターにSubio Platformをインストールした後、古いSubio Platformのインストールディレクトリから次のファイルをコピーして、新しいコンピ...
Subio Platform がクラッシュしました。作業中のデータを復旧できます？
Subio Platform は、なにかを作成したときや編集したときにデータを保存しますので、基本的には動作中に突然シャットダウンしたとしても、Subio Platform を再起動したらデータは復元されます。 とは言え、データが壊れる可能性は常にありますので、データのバックアップを定期的に作成することはとても重要です。データをバックアップする もしデータが壊れてしまってそれを復元しなければ...
"Could not create the Java VM" というエラーが出て起動できません。
この問題は、32-bit Windows をお使いの場合にのみ起こります。 Subio Platform のインストールディレクトリの中にある、vmargs.txt を編集して、-Xmx オプションに大きすぎる値が設定されているようですので、この値を小さくして保存したら、Subio Platformを再起動してみてください。
Subio Platform のインストーラをダウンロードできません。
ウェブブラウザーのセキュリティの設定でファイルをダウンロードできないようになっていないかご確認ください。別のウェブブラウザーを使うとダウンロードできることがあります。もし、ネットワークポリシーによりダウンロードを許可されていないようでしたら、別のネットワークからアクセスしてダウンロードしてください。 ダウンロードができないという旨をご連絡いただきましたら、他のチャンネルを使ってインストーラを...